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由于水声信道的时变性，水声信号分离后存在排序模糊性，限制了盲分离算法的应用。针对盲分离后信号存在排序模糊性的问题，提出了一种基于频谱相关的盲分离排序算法。根据水声环境中各信号的频谱差异，对分离后信号进行重新排序，来改善盲分离算法的排序模糊性。仿真实验表明，该算法可以有效消除分离信号的顺序不确定性，提高盲分离算法的性能。