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高校学科是多学科构成的生态结构，学科间存在众多有机联系。文章引入生态系统理论考察学科管理工作，分析学科生态系统存在的边缘效应、共生效应、平衡效应、整体效应，按照生态系统架构提出了三方面的管理目标，通过组织管理、活力管理和弹性管理加以实施，并提出了管理过程中应该具备的维持平衡、促进交叉、增强弹性等三方面的学科发展理念。