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微生物群（microbiota）是存在于机体体表以及与外界相通的腔道粘膜上的微生物总和，细菌、真菌、古细菌、病毒均参与了其构成。微生物群的数量、种类、分布与人类的年龄、性别、饮食、药物、感染等相关。微生物群与人体是一种互利共生的关系，参与人体的代谢，例如降解、利用饮食中的多糖和含氮化合物，参与药物代谢反应并影响药效；参与免疫系统、内分泌系统和神经系统的调节；最近的研究表明，微生物群还参与了免疫系统和神经系统的发育。微生物群的失调与多个系统疾病相关，包括消化系统疾病如肠易激综合征，炎症肠病等；免疫系统疾病如