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岛上存在两种成因的花岗质岩石:其一是混合花岗岩,另一是岩浆花岗岩.南澳岛的中生代变质带是由各种高绿片岩相的变质岩和混合岩(广义)组成的,原岩为早侏罗世的海相砂页岩及晚侏罗世的火山岩夹火山碎屑沉积岩,其变质时代属早白垩世.岛上新构造运动强烈,在上升的背景上有短暂的稳定和局部下沉.斜贯岛中部的北东—南西向活动断裂控制着挽近时期岛上的升降运功.在断层的北西侧上升,断层的南东侧下降.