目的:研究肉豆蔻麸煨炮制前后对大鼠长期毒性作用机制的差异性,探讨肉豆蔻麸煨炮制的科学内涵。方法:采用尿液代谢组学法,大鼠随机分为正常组、肉豆蔻生品组(剂量10 g·kg^-1)和麸煨品组(剂量10 g·kg^-1),灌胃给药12周后,采集各组大鼠24 h的尿样,通过偏最小二乘法-判别分析（PLS-DA）鉴别各组代谢物谱的差异,通过变量重要性投影（VIP）发现并鉴定潜在的生物标志物。结果:由PLS-DA得分可知,生品组与正常组完全分离,麸煨品组位于二者之间,接近于正常组。鉴定了17个与肉豆蔻毒性相关的生物标志物,与正常组比较,生品组中与肾毒性相关的肌酐含量显著降低,与肝毒性相关的尿中泛酸、肉毒碱C2∶0和氨基酸代谢异常,麸煨品组对肌酐、泛酸、肉毒碱C2∶0和氨基酸代谢均有向正常组显著回调的作用。结论:肉豆蔻生品长期应用有致肝、肾毒性,而麸煨炮制可降低该毒性。