自主创新能力薄弱
　　
　　当前，在经济全球化和发达国家新一轮产业结构调整的背景之下，我国高新技术产业面临着严峻的挑战：自主创新能力不强，企业主体地位亟待加强；产品附加值低，关键技术缺乏、竞争力不强；研发面临着日益严重的知识产权壁垒；产业化链条不完善……其中，尤以企业研发能力薄弱、科技投入不足的问题最为突出，已经成为制约我国高新技术产业发展的瓶颈。
　　据调查，目前在一些高技术领域，我国企业掌握的关键技术还不到一半。由于关键技术的缺乏，拥有自主知识产权的产品少，因此，企业缺乏真正的市场竞争力，更时有因专利赔偿、技术壁垒等等造成严重损失的情况发生。
　　另一方面，由于没有有效的机制，技术发明人、投资人和政府部门不能形成联动，致使高新技术产业投资不到位，政策不落实，专利转化少，生产规模小。
　　
　　让企业成创新主体
　　
　　现代科技发展200年的历史表明，重大技术的创新突破和产业化几乎都是企业所为。到目前为止，以企业为主体的技术创新体系已经成为发达国家和新兴工业化国家的鲜明特征。在这些体系中，大部分科学家和工程师的研发活动经费来自企业。
　　我国高新技术产业的发展同样必须以企业为创新主体，以市场为导向，引导企业加大科研开发的投入；同时，要通过市场推动企业间的并购和重组，促进中小企业的发展壮大，加速高新技术成果的产业化；要加强产、学、研结合，不断完善高新技术产业链条。
　　创新的终端是市场的回报。如不通过生产环节就无法实现创新目标。完整的创新链应包括研究、开发和产业化三大环节，加强产、学、研合作是提高技术创新能力和实现产业化的手段，也是建立健全产业化的模式。特别是在市场的创新活动中，要坚持以企业为核心组织产、学、研联合创新。
　　
　　政府应有所作为
　　
　　发挥企业在技术创新中的主体作用，还需要政府作为——制定政策，创造环境，扩大交流与合作，推动高新技术产业的跨越式发展。
　　要加快制定国家技术标准政策，尽快实现以自主知识产权为核心的技术标准体系；
　　要制定政策，鼓励企业自主开发具有自主知识产权的高新技术产品，提高我国高新技术企业和产品在国际上的竞争力；
　　要采取切实的措施为高新技术产业的发展创造良好的环境，建立健全高新技术产业的投资政策、税收政策和金融政策，形成技术与资本互利互动的有效机制；
　　坚持以人为本，完善高新技术产业的人才培养和激励机制；
　　另外，要加强国际科技合作，充分利用国、内外两种资源两种市场，提高我国技术创新的起点、水平和效益；同时在重视科技与智力引进的基础上加强消化与创新，提高自主创新能力，改变产业发展过度依靠外来技术的局面，实现高新技术的跨越式发展。
　　总之，要从根本上解决高新技术产业从质量向效益型的转变，从投资驱动型向自主创新型转变的问题，必须以科学的发展观为主导，强化企业在推动高新技术产业化的主导作用，引导企业加大科研投入力度，并给予企业多方面的支持，让企业真正成为技术创新的主体。