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向日葵菌核病的病原菌为核盘菌，属于囊菌亚门、柔膜菌目、核盘菌属，是向日葵的主要病害之一，高者发病率达80％～100％。此病从出苗到成熟都能发病，茎上常发生在基部，形成水浸状病斑，湿度大时病斑上长出白色菌丝，使花秆脆弱易断，最后全株枯死。终花期的花盘易感此病，发生时花盘背面出现褐色水浸状病斑，天气多雨，蔓延迅速，穿透花盘，长出白色菌丝，使整个花盘软腐、脱落。菌核落在地上越冬，一般在土壤潮湿，温度偏低及连作条件下发病重。