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[目的]分析细菌型微生物肥料菌群结构。[方法]采用第二代高通量测序技术对细菌型微生物肥料菌群结构进行分析。[结果]产品中测序出的111个OUT具体分属于24个属的细菌,其中共有21个OUT鉴定到种;植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和短乳杆菌（Lactobacillus brevis）占菌群的主要位置,分别是96.29%和0.66%,其他菌占3.05%;该样品中含有假单胞菌属（Pseudomonas sp.）,这提示样品中可能含有植物病原细菌。[结论]将第二代高通量测序技术用于微