大黄是多基原大宗常用药材，不同基原大黄其药理活性存在一定差异。本研究基于叶绿体基因matK序列对市售大黄饮片的种质资源进行鉴定，通过UPLC对其总蒽醌和游离蒽醌含量进行测定，以期确定市售大黄的主要种质及质量。本研究从27省40市收集89份市售大黄样品并提取DNA，通过PCR扩增matK基因，对扩增的matK基因序列的分析结果表明，收集的市售大黄样品都是同一基原，即掌叶大黄，共鉴定了其8个基因型：Rp1、Rp2、Rp3、Rp4、Rp5、Rp6、Rp10和Rp12，其中来自甘肃、四川和云南省的Rp4和Rp6是主要流通基因型，分别占总样品量40.45%和37.08%。系统发育树结果表明，这8个基因型主要分成2大支，其中主要的基因型Rp4和Rp6聚在同一大支，遗传距离分析结果表明8个基因型遗传距离在0.001～0.010之间。利用UPLC检测市场样品中的总蒽醌和游离蒽醌含量结果表明，93.26%样品符合药典标准。样品之间总蒽醌含量和游离蒽醌的含量差异显著，其中游离蒽醌相差1.01%；总蒽醌含量相差3.79%，说明市售大黄样品质量存在参差不齐的现象，但是不同采集省份之间市售大黄总蒽醌和游离蒽醌含量没有显著性差异，各基因型之间的大黄样品中总蒽醌和游离蒽醌含量没有显著性差异。本文对大黄市场样品的种质资源、产地来源和药材质量进行研究，有利于指导大黄市场样品流通及临床科学合理用药，为其他中药材市场样品种质及质量鉴定提供参考。