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为了提高蛋白质折叠问题解的质量，采用蚁群算法对蛋白质的折叠问题进行研究，并且在现有的蚁群算法的基础上成功引入了淘汰和克隆机制，使其具有更好的运算效率，并成功应用到2DHP模型中。在蚁群对最优值进行搜索的过程中，容易出现局部最优点，导致影响解的质量。为了避免计算结果收敛到局部最优点，引入了一种最大最小蚁群策略。选择测试序列进行实验，实验结果表明，该算法在保证解的质量的同时，还具有较高的效率。