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重大航天工程对维护国家安全、促进经济发展和科技进步有着重要意义.按照“基本原理—模型构建—管理方法”的研究链条,本文提出了重大航天工程系统融合原理,构建了系统融合模型,提出了综合性的管理方法.基于重大航天工程多尺度动态复杂性认识,揭示了微观复杂性和宏观整体性间张力推动工程系统演化的动力机理,提出了“复杂性降解”和“整体性中和”组合策略.在工程网络模型框架下,构建了重大航天工程系统融合模型,描述了工程不同阶段不同组合策略下微观网络结构及整体功能实现的变化过程,并根据张力的平衡条件提出了综合管理方法.最后,通过北斗卫星工程实践说明了系统融合原理、模型及管理方法的应用.