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生态地质学需要解决的主要科学问题有：a研究岩石圈在自然和人类活动影响下的功能及它们形成的规律和发展动力；b从岩石团生态功能更替的观点，研究岩石团近地表部分对人为影响稳定性评价的理论和方法；c为了保护和改进岩石圈近表地层的生态功能，需要努力研究控制这些地层状态和性质的理论和方法；d研究利用工业废物和处置废物场地选址的理论、方法和手段；e发展工程保护的地质理论和方法。