藏医药学是一门古老的医学科学，它是藏族先民们在漫长的历史长河中，不断与自然界和各种疾病进行斗争的经验总结。藏医学在发展中充分开发和利用高原独有自然条件和药物资源的同时，还借鉴地吸收了兄弟民族以及周边国家（东亚各国）医药学的精华，博采众家之长，通过不断研究总结、反复实践，逐步提高，从而形成的一门传统医学，具有鲜明的民族特色和高原特色。藏医学不仅历史悠久，理论完整，内容丰富。在现代医学高度发达的今天，藏医学在某些疾病的治疗方面都还有着其独特的方法和显著的疗效，在某些治疗领域尚没有理想的替代方法。藏医学的临床价值，历史价值和学术价值等也越来越多地被人们了解和认知。今天，藏医学已和中医学、古印度医学和西方传统医学并称为世界四大传统医学。
　　
　　藏医渊源
　　
　　在吐蕃统一之前，当时的象雄医学盛极一时，已经有了较为完整的理论体系及其丰富的临床实践。苯教始祖顿巴·辛饶米沃齐时代（约公元前7世纪），其八位嗣子之长子杰布·赤西就著有《疾病总说黑函》、《疗法总说花函》、《药物总说白函》等西藏最早的医学著作多部，为早期藏医学的发展打下了坚实的基础。
　　公元7世纪，松赞干布完成了西藏高原统一大业，建立了强大的吐蕃王朝。吐蕃统一后，加强医药的发展，在培养医师学习本土文化的同时，还博采众长，积极学习其他国家、地区和兄弟民族的医学，并把这些翻译成藏文，著书立说。在赞普赤松德赞时期，进一步加强了对外交流，先后从内地及印度、尼泊尔邀请众多学者，在桑耶创办学校，培养了一大批吐蕃著名学者。
　　当时，吐蕃内外的医师聚集一堂，相互学习交流，通过对不同地域的医疗特征及方法进行学习和实践，撰写了众多医学著作。其中，被称为“第二药王”的医学家玉托·云丹贡布在继承传统藏医学的基础上，有机地吸收了印度医学和汉地中医学优秀的理论及其实践经验，编著了藏医经典著作《四部医典》以及《实践明灯》和《经验明了》等三十多部医学论著。至此，具有完整理论和丰富实践经验的医学体系的藏医学已经形成。
　　公元15世纪以后，藏医开始形成南北两个学派。北方以强巴·囊杰扎桑开创，主要总结高原地区多潮湿寒冷环境下治疗风湿等疾病经验，编著有《四部注疏·事续极明》等多部医学论著；南派开创先锋以素喀·娘尼多吉为代表，根据居住河谷地区的环境和气候特点，擅长使用清热法及其药物，编著有《祖先口述》等医学论著多部。这一时期的两个学派不同理论思想形成了藏医学术上的南北争鸣，促进了藏医学向更深更广层次的发展。
　　公元1916年，十三世达赖喇嘛在拉萨创办了“门孜康”（医算局），为今天西藏自治区藏医院的前身。“门孜康”成立后，广招门徒，教授医药、天文历算理论及实践。“门孜康”是集医疗、研究和教学为一体的综合性藏医药、天文历算机构，其较大的规模和丰富的传承模式，对近现代藏医藏药的发展起到了积极的推动作用。
　　
　　藏医的基础理论（五源学说，三因学说，七大物质及三垢学说）
　　五源学说
　　藏医学理论认为任何世间的存在即万物和人体一样，均由五源（即土、水、火、风和虚空）组成，其中土、水、火、风组成世界基础物质，而虚空则是物质存在必有的空间。同时认为外界宇宙世界与人体等均以领属关系形式存在，万物都有形成、存住、毁灭三个过程。且认为五源之间有相互克制和平衡的作用，从而使得万物均能够在保持各自的特性以独立而相互联系的方式存在。总之，它是世界物质存在的最微观的组成元素。
　　人体最初的形成基础物质即父母的精血也是由五源物质元素组成，且认为在胎儿形成过程中若是五源不全也不能受孕，即“缺土不成（形成人体）无水骸难聚（各种物质集聚形成人体躯骸），无火不熟无风不发育，若无虚空发育无空间。”还认为五源在形成人体的过程分别是，“土生肉骨鼻官与嗅觉，水滋血液舌味促湿润，火产体温色泽眼和色（视觉）， 风生气息皮肤及触觉，虚空开窍生耳能识声（听觉）”等，说明人体是由五源的各物质元素组成的。
　　
　　人体的七大物质依然由五源组成，且继续由富含五源的各种食物提供能量以不断成长、发育或存活。“含有五源食物之功效，能养人体所具之五源”就很好地说明了这点。
　　“疾病亦由四大生”，说明了人体与疾病所组成的四大其本性一体的。是故，人体在各种外界五源的影响条件下，体内五源物质出现太过、不及或紊乱时，各五源的功能不能照常发挥，人体便受到损害产生疾病等痛苦。实际证明了这便是藏医学的中心观点。
　　五源同人体一样都有消亡的过程，存活的人体最终也会因内外五源在时令（外）、邪障（自身因素）、饮食、行为四方面的因素下产生不平衡，形成五源的太过、不及或紊乱从而损害人体健康。故以“极近死亡之时的五源，经由五官依次被吸灭，水吸土之功能不见色（眼睛失去视觉功能），水被火吸九窍均枯槁，火被风吸体温随之散，虚空吸走风元气息绝。”说明了人体和万物一样都有产生、存在和灭亡的过程。
　　
　　三因学说
　　藏医认为人体内存在着三大因素（“隆”、“赤巴”、“培根”）；人体由七大物质基础（饮食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精〈液〉）组成；正常的生理状态下不断产生三种排泄物（大、小便及汗）。
　　人体内的三大因素，藏医学称为“三因学说”。正常情况下，三大因素又支配着七大物质基础及三种排泄物的运动变化。三者保持相互协调，维持着人体的正常生理能的活动。藏医学认为，这三种要素是构成人体并进行生命活动的物质及其能量的基础，同时也是产生一切疾病的根本因素。三者在人体内保持动态的平衡以维护人体正常的生理等功能，其比量或功能在失去平衡或紊乱时就致使人体各组织、器官等的功能失调产生疾病，因此，对于人体的生理功能和病理机制，均以此三者的生成变化为理论根据和说理工具。
　　其中“隆”类似于汉语的“气”。是主导人体全身各部位的一种动力、聚在脑髓、心肺和骨骼里，主管呼吸、循环、感觉、运动、大小便的排泄、帮助分解食物并输送饮食精微等，具有“气”的不稳定性和动荡等的功能和性质。
　　“赤巴”类似于汉语的“火”。是主导人体各脏腑和各种机体的机能活动的热能，并维持体温，分散在肝脏和血液中，促进消化、吸收，长气色，促使热能和智慧的产生。具有“火（气）”和“热（能）”的炎热、炙烈、向上等性质和功能。
　　“培根”具有人体必不可少的运化食物与调节水液等重要作用，存在于脾、胃、膀胱内，可以调节消化及水分代谢，影响人的体重和性情，具有“水”和“土”的稳定、寒冷、坚固和下沉等性质和功能。
　　在正常的生理状态下，三者虽然各有特点，各施其能。但是它们之间并非孤立存在，而是有着不可分割的相互依赖和相互促进，相互影响和相辅相成的紧密关系，共同负担人体的正常生理机能活动。例如，人的消化功能，先由培根具己磨碎食物，继则由赤巴久己将被磨碎的食物加以腐熟分解，麦娘姆隆负责“过滤”，分别清浊，使糟粕移入大肠，精微则被人体吸收等。
　　
　　七大物质及三垢（排泄物）学说
　　藏医认为人体由七大物质组成，即精气（饮食精微）、血液、肌肉、脂肪、骨质、骨髓以及精液，它们均可在赤巴所产生的热能作用下，次第渐变成“精华”，散布全身，使人发育、成长、保持健康。其过程是，由饮食精微生成血液；血液的精华生成肌肉；肌肉生脂肪；脂肪生成骨质；骨生髓；而骨髓的精华直接生成精液（女性则为精血，可理解为经血、卵子或雌性激素等综合物质及其功能）。而七大物质的最高精华表现形式则是“神色”，即精神、气色、色泽等含义。七大物质亦如以上所述那样，仍然由五源组成，同时也可以由“三因”的功能及物质性作为概括。总之，七大物质以它物质性为基础，同时还以其功能性的作用来保证人体正常的生长发育或维护人体的健康。
　　三垢也就是三种排泄物指粪便、尿液和汗液，它是食物、七大物质在维持人体正常生理活动的过程中依次产生的糟粕物质，在三因不同功能的协同下将其以废物的形式排出体外。其过多或过少均可影响人体健康。
　　七大物质和三垢从其功能上讲，饮食精微为最重要，因为其他六种物质均由它转变而成。其余的，血能滋润身体并维持生命；肉似围墙，能保护身体；脂肪能柔润身体，悦气色；骨为支架，使人能立不倒；骨髓能生精；而精的功用是生殖。至于大、小便及汗液三种排泄物均有排除体内废物的作用。汗则还有温润皮肤的作用。
　　
　　千年藏医结晶——医学著作（四部医典、晶珠本草等）
　　藏医药学典籍众多，浩瀚如海，难于以数量统计。其中不乏许多惊世之作，但就其内容丰富性和历史影响力来讲，当属《四部医典》和《晶珠本草》。
　　藏医药学的主要医典是《居悉》（即《四部医典》）成书于公元8世纪初（约公元733—783年），为宇妥·云丹贡布编著。《四部医典》其内容十分丰富，包括各种疾病的分类以及生理、病理、诊断、治疗和药物配方等等。《四部医典》是沿承公元8世纪以前西藏1000多年的医学经验的同时，容纳和吸收周边其他民族医学精华而成的一部经典藏医学著作，是此后1300多年来藏医学发展的基石和典范，也是今天藏医药学的学习、研究人员和藏医医务工作人员必修的著作范本。所以，到目前为止，世界上很多国家和地区都在研究以《四部医典》为主的藏医学。前苏联艺术家出版社曾出版《藏医图集》，他们认为《四部医典》和《藏医图集》是举世无双的藏医文献，对它所引起的兴趣远远超出了医学范围。
　　《晶珠本草》藏名《协贡协称》或《协称》，是著名藏族医药学家第玛·旦增平措所著。作者第玛·旦增平措生于青川藏交界的达江县，8岁即入格孜日寺院当童僧，接受名师指导和刻苦训练。他学习勤奋，具有多方面的才能，特别精通藏医药学及天文历算学。丹增彭措曾长期流落转辗异乡，足迹遍及整个青藏高原地区，也到过尼泊尔和印度等地。经二十多年的潜心研究，终于在约1743—1787年之间著成了《晶珠本草》。《晶珠本草》在我国的药物学史上的一朵奇葩，可与同一时期的《本草纲目》相媲美，书中所记载的药物，除去重复的，实有1220种，比《本草纲目》所收录的药物还多出423种。堪称惊世之作，为我国传统医药学中的经典本草之一。