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科克苏湿地自然保护区共有维管束植物65科259属551种，与西北其它荒漠地区相比，植物种类非常丰富。该区维管束植物科的组成以寡种科和区域性单种科为主，占总科数的66．2％，菊科、禾本科等较大科仅占总科数的15．4％，但所含物种数达到63％，在本区植物种的组成中占据重要地位；属的组成以小型属和区域性单种属占优，占植物总属数的94．6％。植物生活型以地下芽植物占绝对优势，达到40.1％，其次为一年生植物。为35．8％，这种组成比例与科克苏湿地的环境条件有着密切的关系。所有种子植物分属于11个分布区类型，以北温