为了更好地认识长瓣兜兰,并开发其园艺价值,以长瓣兜兰花器官为材料,利用RNA-seq技术对长瓣兜兰花蕾和花朵进行转录组测序.结果表明,共获得95659条unigene.将unigene比对到NR、KOG、Swissprot、KEGG等数据库进行注释,共发现有61629条unigene得到注释,占全部unigene的64.43％.长瓣兜兰转录组unigene在CDD、KOG、NR、NT、PFAM、Swissprot、TrEMBL、GO、KEGG等数据库中被注释的基因数目分别为33589、28405、45568、56635、23870、52141、44973、54934、4893.注释结果显示,长瓣兜兰与油棕同源的序列最多.GO注释中可将其分成3大类71个小组,KOG数据库注释可将其分成25个功能类别;根据KEGG注释和通路富集结果,共有4893条unigene参与了23类327个代谢途径.经MISA软件对unigene进行SSR检测,发现在95659条unigene中有7613条有SSR,共搜索到8160个SSR位点,其长度范围分布在10～230 bp之间,平均长度为66.95 bp.SSR丰富度最高的是二核苷酸,占比为33.72％,其次为一核苷酸和三核苷酸,分别占比32.12％和26.11％.本研究通过对长瓣兜兰进行转录组测序,获得了大量基因序列,了解了长瓣兜兰花器官基因的大致表达情况,为长瓣兜兰花器官发育相关基因的发掘与利用、SSR分子标记的开发以及其基因组的测序与组装提供了参考,也为后续在分子生物学层面对长瓣兜兰开展深入研究奠定基础.