微生物的鉴定方法有很多种,这些方法基于表型、免疫学、遗传学等,目前普遍采用16S rRNA和18S rRNA基因测序为标准,但这些方法也有一些局限性,费时费力、操作复杂、劳动力和试剂成本都很高,限制了在常规微生物检测实验室的普及与推广.近年来,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在微生物学领域的应用越来越重要,与应用于微生物鉴定的其他技术不同,MALDI-TOF MS更快速、准确、经济且易于操作.随着样品制备、数据库丰富和算法优化的发展,使用MALDI-TOF MS进行鉴定的准确性和速度不断提高.虽然大多数研究都集中在细菌上,但这项技术也应用于真菌和病毒.本文对MALDI-TOF MS技术对细菌、真菌、病毒鉴定与分型的研究进展以及目前该技术的局限性进行综述,旨为该技术在临床诊断、食品检测等领域的多种应用奠定基础.