R语言下食管鳞状细胞癌关键驱动基因富集分析的生物信息学研究

来源 :食管疾病 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaowei_0315
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目的本研究利用食管鳞状细胞癌(ESCC)相关微表达矩阵芯片数据,筛选出与ESCC发生、发展显著相关的关键通路及关键基因,并对关键基因所在的功能模块进行GO和KEGG富集分析、蛋白-蛋白相互作用分析以及关键基因在ESCC患者中的生存分析。方法从GEO数据库获得了GSE38129微表达矩阵芯片数据,利用R语言及其相关的软件包进行数据处理和差异表达分析,所有差异表达基因选取“FDR<0.05及logFC≥2或log2FC≤-2”为阈值。结果本研究筛选出51个上调基因和81个下调基因进行GO和KEGG富集分
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