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针对现阶段大阵列磁控管控制系统存在的结构复杂、成本高等问题，提出了一种基于CAN总线的解决方案。该方案中自定义了CAN总线应用层协议MWCPro，该协议综合了国际上广泛采用的CANOpen、DeviceNet以及iCAN等应用层协议的优点，针对微波控制系统的特点所创建。阐述了MWCPro协议的报文结构、软硬件实现及其在大阵列磁控管控制系统中的应用前景。