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河源市巴登地区地层较为简单，仅见系金鸡组（J1）砂岩、粉砂岩及第三系莘庄村组（Ex）粉砂岩。第四系（Q）分布广泛，以冲积相和河流冲积相为主；区内岩浆岩见有小面积的玄武岩分布于中南部，在中北部还有少量的石英脉；地下水分为第四系松散岩类孔隙水、玄武岩孔洞裂隙水、构造裂隙水及基岩裂隙水等四类。地球物理勘查成果表明，河源断裂为区内主要的导热、控热构造，其两侧多组次级张扭性小断裂，是重要的导水和控水构造。但浅层地热异常不明显，不具备赋存到浅层地热资源的条件。局部存在地温异常高值点，具有寻找较深部地下热源的潜力。