[目的]基于生态位理论评价南疆三地州农村产业融合发展水平并分析其空间关联性，对促进乡村振兴、实现农业现代化具有重要意义。[方法]文章构建了生态位农村产业融合发展指标体系，运用生态位宽度、生态位重叠度模型测度南疆三地州24个县农村产业融合的发展差异与竞争性，并采用Moran’s I 指数深入分析南疆三地州农村产业融合的空间关联性。[结果]南疆三地州农村产业融合生态位宽度持续呈现出以喀什市为核心的非均衡态势，农村产业融合水平逐渐提升；南疆三地州各县市农村产业融合生态位重叠现象普遍，农村产业融合发展相似度较高，资源竞争较为激烈；南疆三地州农村产业融合在整体上存在空间关联性，喀什地区存在“HH型”聚集，和田地区存在“LL型”聚集，部分县市存在“LH型”聚集和“HL型”聚集。[结论]南疆三地州农村产业融合发展具有不平衡性和同构性，对产业资源的竞争较为激烈，应重点发挥喀什市中心辐射带动作用，实施差异化产业发展战略，喀什地区应继续保持农村产业融合优势，拓展农业多功能；和田地区可采取产业链优化策略，对现有生态位进行升级；克州应挖掘特色农村产业融合资源，优化资源配置。