苹果SnRK2基因家族的鉴定和生物信息学分析

来源 :中国农学通报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sunwenjun19841120
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SnRK2是植物特有的一类Ser/Thr类蛋白激酶,在植物逆境生理过程中扮演了重要的角色。利用隐马可夫模型搜索和系统建树的方法,在苹果基因组中鉴定出了16个SnRK2基因家族成员,然后从系统发生、理化性质、二级结构、motif、C末端序列和EST等方面对其进行了预测和分析。结果表明,苹果SnRK2家族为亲水性蛋白,二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主;在系谱发生上与拟南芥、水稻、玉米所有的SnRK2蛋白一起分成了3个亚族;motif和C末端序列分析显示,苹果SnRK2蛋白激酶家族具有较高的保守性;EST
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