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自然科学知识是由基本信仰、哲学方法论、基本假设、观察实验、理论推展和技术方法六个部分组成的。当代自然科学的基本信仰包括世界的物质性、客观性、有规律性等。自然科学的基本信仰是其理论建构的终极思想基础。当代自然科学在基本信仰上存在研究对象的物质一元论和绝对客观论以压结构决定论和科学真理绝对论等问题.所以它有必要向研究对象的三元论和主客统一论以及功能主导论及科学真理相对论转化。