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一、事业单位账户管理发生变化
在以往的分散支付制度下，财政部门根据确定的预算数以实拨资金的方式将资金拨付各事业单位，由事业单位自主使用。实行国库集中支付后，财政部门取消事业单位实拨资金账户，财政资金不再下拨到用款单位，所有资金全部集中于国库，每个单位只有用款指标和计划额度，当实际发生支出时，按照年度预算和用款计划，办理财政直接支付。同时，为每个单位开设 “零余额账户”，该账户不是存款账户，里面只能显示财政下达的用款额度，当单位实际发生财政授权支付的业务时，先通过银行零余额账户支付后，再由代理银行从国库单一账户中清算收回垫付的资金。
二、财政资金支付方式发生变化
实行国库集中支付制度后，财政资金支付方式有两种：
1.财政直接支付：由事业单位按照部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，向国库支付中心提出支付申请，由国库支付中心开具支付凭证，通过国库单一账户体系，将资金支付到商品、劳务供应商或用款单位。
实行财政直接支付的财政资金包括：工资支出、基本建设支出、政府采购支出以及其他规定纳入财政直接支付的支出。
2.财政授权支付：由事业单位根据部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，按照财政部门授权和批准的用款额度，由事业单位开具支付凭证，代理银行从单位零余额账户将资金支付到商品劳务供应者或用款单位。
事业单位在资产类下设置“零余额账户用款额度”科目，该科目核算财政授权支付情况下所取得的零余额账户用款额度的增减变动。借方表示收到财政下达的授权支付额度和因特殊原因退回该账户的额度资金，贷方表示授权支付的实际支出数和年终未用注销的额度。本科目期末借方余额，反映尚未支用的财政授权支付额度，年末无余额。
三、国库集中支付下的事业单位日常会计核算
1.对财政直接支付的支出，根据代理银行转来的《财政直接支付入账通知书》及相关原始凭证入账。会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：财政补助收入——财政直接支付
如果直接支出部分构成新增固定资产的，应同时登记固定资产账，会计分录为：
借：固定资产
贷：固定基金
2.对财政授权支付，事业单位根据代理银行盖章的《财政授权支付到账通知书》与分月用款计划核对后记账，按到账通知书标明的额度确认收入，会计分录为：
借：零余额账户用款额度
贷：财政补助收入——财政授权支付
事业单位从零余额账户支取使用时，依据授权支付凭证及相关原始凭证入账，会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：零余额账户用款额度
事业单位提取现金和支付时，会计分录为：
借：现金
贷：零余额账户用款额度
借：事业支出、材料等
贷：现金
事业单位缴存现金时，凭现金缴款单及财政授权支付更正通知书记账，会计分录为：
借：零余额账户用款额度
贷：现金
四、国库集中支付事业单位年终结余资金账务处理
事业单位在财政直接支付与财政授权支付额度年终对账无误后，用款额度余额注销。
事业单位在资产类增设“财政应返还额度”总账科目，该科目下设置“财政直接支付”和“财政授权支付”两个明细科目，进行核算。
1.财政直接支付年终结余资金账务处理
“财政应返还额度”借方登记事业单位本年度财政直接支付预算指标数与财政直接支付实际支出数的差额，贷方登记下年度实际支出的增减数。
(1)年底额度注销会计账务处理：
事业单位年终依据本年度财政直接支付预算数与当年财政直接支付实际支出数的差额作相关会计账务处理：
借：财政应返还额度——财政直接支付
贷：财政补助收入——财政直接支付
(2)恢复额度账务处理：
下年度恢复财政直接支付额度后，事业单位发生实际支出时，会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：财政应返还额度——财政直接支付
2.财政授权支付年终结余资金账务处理
“财政应返还额度”借方登记单位零余额账户注销额度数，贷方登记下年度恢复额度数（如单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，借方需同时登记两者差额，贷方登记下年度单位零余额账户用款额度下达数）。
(1)年底额度注销会计账务处理：
事业单位年终依据代理银行提供的对账单作相关注销额度的会计账务处理：
借：财政应返还额度——财政授权支付
贷：零余额账户用款额度
如单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，根据二者间差额作相关会计分录：
借：财政应返还额度——财政授权支付
贷：财政补助收入——财政授权支付
(2)恢复额度账务处理：
事业单位依据下年度初代理银行提供的额度恢复到账通知书作相关恢复额度的会计账务处理：
借：零余额账户用款额度
贷：财政应返还额度——财政授权支付
(3)下年度单位收到财政部门批复的上年未下达零余额账户用款额度，作相关会计账务处理：
借：零余额账户用款额度
贷：财政应返还额度——财政授权支付
在以往的分散支付制度下，财政部门根据确定的预算数以实拨资金的方式将资金拨付各事业单位，由事业单位自主使用。实行国库集中支付后，财政部门取消事业单位实拨资金账户，财政资金不再下拨到用款单位，所有资金全部集中于国库，每个单位只有用款指标和计划额度，当实际发生支出时，按照年度预算和用款计划，办理财政直接支付。同时，为每个单位开设 “零余额账户”，该账户不是存款账户，里面只能显示财政下达的用款额度，当单位实际发生财政授权支付的业务时，先通过银行零余额账户支付后，再由代理银行从国库单一账户中清算收回垫付的资金。
二、财政资金支付方式发生变化
实行国库集中支付制度后，财政资金支付方式有两种：
1.财政直接支付：由事业单位按照部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，向国库支付中心提出支付申请，由国库支付中心开具支付凭证，通过国库单一账户体系，将资金支付到商品、劳务供应商或用款单位。
实行财政直接支付的财政资金包括：工资支出、基本建设支出、政府采购支出以及其他规定纳入财政直接支付的支出。
2.财政授权支付：由事业单位根据部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，按照财政部门授权和批准的用款额度，由事业单位开具支付凭证，代理银行从单位零余额账户将资金支付到商品劳务供应者或用款单位。
事业单位在资产类下设置“零余额账户用款额度”科目，该科目核算财政授权支付情况下所取得的零余额账户用款额度的增减变动。借方表示收到财政下达的授权支付额度和因特殊原因退回该账户的额度资金，贷方表示授权支付的实际支出数和年终未用注销的额度。本科目期末借方余额，反映尚未支用的财政授权支付额度，年末无余额。
三、国库集中支付下的事业单位日常会计核算
1.对财政直接支付的支出，根据代理银行转来的《财政直接支付入账通知书》及相关原始凭证入账。会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：财政补助收入——财政直接支付
如果直接支出部分构成新增固定资产的，应同时登记固定资产账，会计分录为：
借：固定资产
贷：固定基金
2.对财政授权支付，事业单位根据代理银行盖章的《财政授权支付到账通知书》与分月用款计划核对后记账，按到账通知书标明的额度确认收入，会计分录为：
借：零余额账户用款额度
贷：财政补助收入——财政授权支付
事业单位从零余额账户支取使用时，依据授权支付凭证及相关原始凭证入账，会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：零余额账户用款额度
事业单位提取现金和支付时，会计分录为：
借：现金
贷：零余额账户用款额度
借：事业支出、材料等
贷：现金
事业单位缴存现金时，凭现金缴款单及财政授权支付更正通知书记账，会计分录为：
借：零余额账户用款额度
贷：现金
四、国库集中支付事业单位年终结余资金账务处理
事业单位在财政直接支付与财政授权支付额度年终对账无误后，用款额度余额注销。
事业单位在资产类增设“财政应返还额度”总账科目，该科目下设置“财政直接支付”和“财政授权支付”两个明细科目，进行核算。
1.财政直接支付年终结余资金账务处理
“财政应返还额度”借方登记事业单位本年度财政直接支付预算指标数与财政直接支付实际支出数的差额，贷方登记下年度实际支出的增减数。
(1)年底额度注销会计账务处理：
事业单位年终依据本年度财政直接支付预算数与当年财政直接支付实际支出数的差额作相关会计账务处理：
借：财政应返还额度——财政直接支付
贷：财政补助收入——财政直接支付
(2)恢复额度账务处理：
下年度恢复财政直接支付额度后，事业单位发生实际支出时，会计分录为：
借：事业支出、材料等
贷：财政应返还额度——财政直接支付
2.财政授权支付年终结余资金账务处理
“财政应返还额度”借方登记单位零余额账户注销额度数，贷方登记下年度恢复额度数（如单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，借方需同时登记两者差额，贷方登记下年度单位零余额账户用款额度下达数）。
(1)年底额度注销会计账务处理：
事业单位年终依据代理银行提供的对账单作相关注销额度的会计账务处理：
借：财政应返还额度——财政授权支付
贷：零余额账户用款额度
如单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，根据二者间差额作相关会计分录：
借：财政应返还额度——财政授权支付
贷：财政补助收入——财政授权支付
(2)恢复额度账务处理：
事业单位依据下年度初代理银行提供的额度恢复到账通知书作相关恢复额度的会计账务处理：
借：零余额账户用款额度
贷：财政应返还额度——财政授权支付
(3)下年度单位收到财政部门批复的上年未下达零余额账户用款额度，作相关会计账务处理：
借：零余额账户用款额度
贷：财政应返还额度——财政授权支付