目的建立新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸检测方法,比较新型冠状病毒感染肺炎患者上下呼吸道标本核酸检测结果的差异,为临床诊断SARS-CoV-2感染,如何选择标本类型以及提高核酸阳性检出率提供参考。方法采集31例疑似新冠肺炎患者呼吸道标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法对新型冠状病毒感染者的咽拭子和痰液标本进行双靶标（ORF1ab基因和N基因）核酸检测,应用卡方检验分析不同类型标本新型冠状病毒核酸阳性率的差异。结果 31份新型冠状病毒病例的咽拭子标本中,26份阳性,5份阴性,阳性率为83.8%;31份痰液标本中,29份阳性,2份阴性,阳性率为93.5%;两种标本检测结果差异无统计学意义（χ~2=1.449,P>0.05）。不同发病时间患者咽拭子阳性率和痰液阳性检出率差异均无统计学意义（P=0.669）。比较咽拭子和痰液ORF1ab基因平均CT值（荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数）,咽拭子较痰液高3.04; N基因CT值咽拭子较痰液高3.33。1例患者呼吸道标本阴性,肛拭子新冠病毒核酸阳性。结论咽拭子和痰液标本,均可用于SARS-CoV-2核酸检测。痰液ORF1ab基因和N基因CT均值低于咽拭子,更易检出,用于检测SARS-CoV-2更具优势。此外,呼吸道标本核酸检测阴性的患者,进一步检测消化道标本,对患者临床判断和疾病防控具有重要意义。