1980年7月25日，
　　高检院、铁道部联合下发《关于筹建各级铁路运输检察院有关编制问题的通知》，规定在铁道部设立全国铁路运输检察院，在铁路局所在地设立铁路运输检察分院，在铁路分局所在地设立基层铁路运输检察院。之后，20个铁路局和62个铁路分局相继成立了筹备组，着手筹建工作。
　　1982年4月14日，
　　全国铁路检察院党组成立，蔺子安任党组书记。1982年5月1日，各级铁路检察院正式开始办公。
　　1987年4月15日，
　　“两高”联合下发了《关于撤销铁路运输高级法院和全国铁路运输检察院有关问题的通知》。5月31日，全国铁路运输检察院正式撤销。6月1日，最高人民检察院铁路运输检察厅成立。
　　2001年3月，
　　中共中央办公厅印发的《地方各级人民检察院机构改革意见》提出，逐步理顺设在铁路、林区、农垦等派出检察机构的管理体制,合理调整机构布局,清理整顿现有人员,将人员编制纳入国家司法体系统一管理。
　　2009年7月8日,
　　中央编制委员会办公室《关于铁路公检法管理体制改革和核定政法专项编制的通知》提出, 铁路运输检察分院和铁路运输检察院与铁路运输企业全部分离。现有铁路检察院一次性移交给驻在地省、自治区、直辖市党委和省级人民检察院,实行属地管理。
　　2010年12月8日,
　　最高法、高检院、中央编办、财政部、人力资源部、铁道部联合印发《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》,对铁路检察院管理体制改革后的干部管理、法律职务任免、业务管辖、资产移交、经费保障等作出了具体规定。
　　2012年1月12日,
　　太原铁路运输检察院与山西省检察院率先完成移交协议签字。至2012年6月底,全国两级76个铁路检察院所在铁路局与所在地共计29个省、自治区、直辖市党委和29个省级人民检察院全部完成移交协议签字，实行属地管理。