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小石门银金矿位于小寺沟铜钼矿外围，是小寺沟铜钼矿成矿系列的组成部分。矿区内有三条长逾千米的金银矿化带，共17个矿体。矿体赋存于硅质白云岩中，受北北东向断裂及顺层滑脱断层构造控制明显，在空间上和切层或顺层产出的闪长玢岩及二长斑岩关系密切。矿体形态为不规则脉状、透镜状、囊状，矿石成分为富金属硫化物矿石及贫金属硫化物矿石，围岩蚀变主要表现为褐铁矿化、黄铁矿化、硅化、碳酸盐化。从硫同位素特征、稀土元素特征、成矿温度、包体成分特征等矿床地球化学特征综合研究，认为该矿床硫元素和成矿物质来源于与小寺沟杂岩体同源异相岩浆