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为探究四川某猪场反复暴发仔猪腹泻的原因，利用下一代测序技术（NGS）对该猪场的仔猪肠道样品进行检测，结合常规PCR、测序方法进行验证分析。结果表明：该猪场存在猪流行性腹泻病毒PEDV，通过对该场PEDVS1基因的进化树分析，发现该PEDV毒株属于独立的一个分支；同时还在该场病料中检测到猪圆环病毒3型（PCV3），该猪场腹泻问题可能是由于新型PEDV毒株和PCV3毒株混合感染导致。