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通过PCR克隆测序、rDNA序列分析、随机PCR引物扩增结合DGGE技术等三个层次的分子分类水平对厦门海域的典型藻华生物进行分子生物学分析。结果表明,基于DGGE检测的18S rDNA序列过于保守,分类的精确度不高;AP-PCR则是基于基因组的差异进行分析,结果较为精确和全面;而rDNA序列分析相对可靠,尤其是针对ITS的长度和全序列分析以及28S rDNA的D1、D2区的序列分析,可以提供更为准确的分类信息,并可为设计检测探针提供基础。据此对分离自厦门海域的3种典型甲藻及其相关藻株建立了系统进化树。针对