从1987年被发现，1989年中日联合调查队再次对“南海一号”进行了探摸，这次持续5天的调查获得了沉船更加精确的位置，并掌握了有关沉船海域海况、气象方面的资料。但在此之后，中国水下考古队一直没有再对其进行打捞，直至2001年。
　　“1989年，对于中国水下考古来说，也只是刚刚起步的阶段，无论从人员、设备、资金方面，都不足支持整个‘南海一号’的打捞。”广东省文物考古研究所副研究员曹劲说。她正是后来参与提出“南海一号”整体打捞方案的人士之一。
　　
　　第一条被打开的沉船
　　
　　“南海一号”调查的停滞并不意味着中国整个水下考古的停滞。从1991年开始，中国水下考古队的工作重点转到辽宁绥中三道岗海域的沉船遗址。这是一条元代沉船，调查和发掘持续7年之久，直到1997年才结束。“这是一个坐标，它是中国水下考古队第一次独立开展大规模水下工作。”张威说。
　　这是一艘水深在10米以下，长约25米，宽约5米沉船遗址。由于长期浸泡在海水中，船体已经被海虫吃掉，只在沉船处散落大量的元代铁器和瓷器。考古队员们将这些器物打捞出水，通过辨别，瓷器为元代北方磁州窑的产品。
　　这是一条哪里驶出，又开向哪里的沉船呢？实际上，有别于南海航线的海上丝绸之路，中国还有一条海上贸易通道，是由渤海湾及东部沿海港口出发，驶往朝鲜半岛、及日本列岛的。被称为“北方海上丝绸之路”。
　　在元代，北方海上丝绸之路的路线大致有两条：一条是由山东半岛的莱州出发，经大同江到达平壤；另一条则是宁波出发，经过东海、黄海、朝鲜竹岛等地到达日本。沉船最初被认为是驶向这些地方。但沉船沉没的地点，与这两条常行的路线并不相同。经过仔细研究，专家们更加倾向于这是由靠近磁州的直沽港出海，驶向东北渤海沿岸港口，从事国内贸易的一条航船。
　　“三道岗沉船遗址推进了人们对国内贸易利用海路的研究，也丰富了对北方瓷器的认识，但对于水下考古队来说，一次正规、完整、独立的发掘过程，则是最大的收获。”张威说。
　　
　　盗捞猖獗
　　
　　实际上，刚刚结束三道岗沉船遗址的发掘不久，张威就带着12名队员奔赴西沙，在那里展开大规模的水下文化遗存考察。那也是中国水下考古队第一次远航调查。“对于海军来说，西沙也许并不算远，但对于水下考古来说，如何在远离大陆，面临补给困难、海况复杂的环境进行调查发掘，则是一次巨大的挑战。”张威说。
　　经过数天的搜索，他们在永乐群岛南面的华光礁附近发现一处沉船遗址，这是一处比篮球场还大的遗址，里面散落着各式各样破碎的瓷器，遗址的很大部分埋藏在珊瑚沙之下。通过挖掘打捞，确认这是一处南宋沉船遗址，随后被命名为“华光礁一号”。遗址中的瓷器来自闽江上游松溪窑、晋江瓷灶窑、泉州德化窑等地。但是由于位处渔民的作业区域，这处遗址已经遭到一定程度的破坏。
　　在海上丝路的航道上，大小沉船不计其数，有些地区正处于渔民的作业区，因此常常有人从水中打捞上沉船货物。这也引来不少文物贩子的觊觎，他们有的从渔民手中购买，有的甚至花钱雇人私自在沉船处打捞，不但给文物带来损失，更是造成考古信息的流失。
　　2005年发现的“碗礁一号”可谓其中典型。碗礁群岛位于福建平潭屿头乡附近海域，因渔民捕鱼时常有瓷碗出水，因此被命名为碗礁。2005年6月，当地渔民发现一条沉船，随后引发周围渔民哄抢，各地文物商贩也蜂拥而至，往日平静的碗礁海域成为各地盗捞者的竞技场，大量文物用最原始的办法打捞出水，破损毁坏无数。
　　这种状况直到福建考古人员赶到现场后，才有所缓解。中国水下考古中心和福建考古人员合作对遗址进行了清理。现场惨不忍睹，盗捞者为了加快进度，不惜用炸药炸开船体，瓷器、船体破坏严重。福州市考古队队长林果后来在文章心痛地写道，“原来以为被盗的只有3个船舱，后来发现，实际被盗的船舱有6个“碗礁一号”被盗文物可能至少在3.5万件左右，考虑到盗抢的破损率，至少超过2万件完整瓷器流入社会。”
　　
　　谜团正在解开
　　
　　从1989年就停滞的“南海一号”调查计划，并没有被放弃。2000年，事情有所转机，当年香港要填海建造迪斯尼乐园，邀请张威等人协助进行水下考古调查。在香港，张威和队友结识了一批潜水爱好者，他们得知“南海一号”的事情后，主动表示帮助筹措调查资金。2001年，经费到位，调查得以继续。
　　此后，“南海一号”的调查也得到了国家文物局和广东省等方面的支持。从2001年至今，历年打捞出水的文物已经多达4000件，包括了金、银、铜、铁、瓷等多个种类。随着时间的推移和调查的深入，人们对“南海一号”的了解越来越多：它是目前世界发现的海下沉船中，船体最大、年代最早、保存最完整的远洋贸易商船；出水的瓷器涉及到福建、浙江、江西等不同窑口；根据出水的钱币显示，它的沉没时间大致在南宋早期；船体的木块部分为马尾松，船只可能建造于中国南方；出水的银质镀金腰带和鎏金龙纹手镯显示船主非常富裕
　　但是令人困惑的谜团也越来越多：它到底属于哪个国家？船主是什么样的人？众多窑口的瓷器是如何进入到同一条船中？它从哪个港口出发，途经哪里，又要驶向何方？船员来自什么地方，他们是如何生活的？它又是如何从事贸易的
　　一切神秘而好奇的答案都静静地躺在水下20多米的地方，等待着出水的那一天慢慢揭晓。“对于中国水下考古来说，这也仅仅是进入到青年时期。”中国水下考古研究中心主任张威说。
　　(本文写作感谢宁夏考古所原副所长杜玉冰女士，同时感谢中国水下考古中心李滨先生为本文提供图片支持）