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紫斑牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.var.papaveracea)是中国北方主栽的油用牡丹品种.基于高通量转录组测序技术(RNA-seq),利用MISA软件从紫斑牡丹种子转录组库中共获得115 922条Unigenes,从中挖掘出16 900个SSR标记.这些SSR标记中的单核酸苷酸重复占59.14％、二核苷酸重复占28.61％、三核苷酸重复占11.27％、四以上核苷酸重复占0.98％.在涉及调控紫斑牡丹油脂合成和脂肪酸积累、种子大小和粒重及角鲨烯等目的性状相关目的基因的功能注释unigenes中,共搜索到71对SSR标记引物;以优良无性系DL1叶片DNA为模板对这些SSR引物的有效性验证结果表明,共有46对引物能扩增出清晰的目的条带.以7个牡丹种质的叶片为材料,对46对已扩增出目的条带的SSR引物进行多态性验证,获得了44对具有多态性的SSR标记引物,占总引物的95.65％.利用RNA-seq技术新开发的目的基因SSR标记可为紫斑牡丹的遗传多样性分析和标记辅助选择育种等提供科学基础.