【摘 要】
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为了获得珍贵用材树种大花序桉顶芽转录组数据及预测关键基因功能,本研究基于Illumina HiSeqX Ten测序技术获得大花序桉顶芽转录组原始数据,经Trinity组装拼接获得高质量Unigene,并与NR、Swiss-Prot、GO、KOG、eggNOG和KEGG等生物信息数据库进行序列比对和功能注释,利用MISA软件进行SSR位点搜索和分析.从大花序桉顶芽中共获得26 587条高质量Unigene,平均长度为1 279.69 bp;共有22 099条Unigene至少在一个数据库中被成功注释,其中,
【机 构】
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广西壮族自治区国有东门林场,崇左,532108;广西大学林学院,南宁,530000
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为了获得珍贵用材树种大花序桉顶芽转录组数据及预测关键基因功能,本研究基于Illumina HiSeqX Ten测序技术获得大花序桉顶芽转录组原始数据,经Trinity组装拼接获得高质量Unigene,并与NR、Swiss-Prot、GO、KOG、eggNOG和KEGG等生物信息数据库进行序列比对和功能注释,利用MISA软件进行SSR位点搜索和分析.从大花序桉顶芽中共获得26 587条高质量Unigene,平均长度为1 279.69 bp;共有22 099条Unigene至少在一个数据库中被成功注释,其中,11 507条Unigene被注释到KOG数据库中25个功能类别,以参与一般功能基因的数量最多;GO数据库中,所注释到的14 105条Unigene分别匹配到生物功能、细胞组分和分子功能3大类50个功能基因区,其中执行生物过程所占比例最多;KEGG功能注释共发现有7 117个Unigene参与127条代谢通路,以代谢相关的基因最丰富;共有1 021条Unigene注释到转录因子数据库,分布于65个家族,其中比例最大的是bHLH和MYB家族;3 274条Unigene注释到植物抗性基因数据库,分布于13个类别,相匹配基因数量最大的是RLP和TNL.MISA软件共检测到12 366个SSR位点,分布密度为1/2.75 kb,重复基元类型丰富,标记开发潜力大.本研究利用高通量测序获得丰富的顶芽转录组信息,可以为大花序桉分子辅助育种提供丰富的资源.
其他文献
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为研究铁皮石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)应对盐胁迫的抗性机制,利用PCR技术从铁皮石斛cDNA中克隆丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因CIPK24和类钙调素B亚基蛋白基因CBL1,用生物信息学技术对其编码蛋白的进化关系进行了分析;采用实时荧光定量PCR技术分析它们的表达模式;并构建酵母表达载体,利用酵母双杂交技术研究这两个蛋白的互作关系.结果表明,铁皮石斛CIPK24和CBL1分别与拟南芥CIPK24以及CBL1蛋白的亲缘关系最近;空间表达模式分析发现CIPK24和CBL1基因在花
为解析嫁接繁殖和根蘖繁殖灵武长枣果实糖和酸转化差异,本研究以两种繁殖方式的成熟期果实为材料,利用高通量测序平台Illumina/Nova-Seq 2500进行了转录组测序,对转录组数据质量评估获得两样品的序列长度分别为24.48 Gb(嫁接)和28.64 Gb(根蘖),错误率为0.03％,GC含量44.11％～44.56％,Q30大于90.54％,转录组数据与冬枣基因组序列比对,所有的转录组Reads均分布于冬枣12条染色体上,基因定位的Reads数量嫁接繁殖比根蘖繁殖多;差异表达基因分析筛选到27个显著
bZIP转录因子在植物的生长发育和响应胁迫的过程中起重要作用.本研究利用全长均一化cDNA文库获得一条全长438 bp cDNA序列,与香蕉基因组数据库比对之后,将其命名为MabZIP5,编码145个氨基酸,预测分子量为35.24 kD,等电点为5.22,其编码的蛋白定位于细胞核.系统发育分析表明MabZIP53与凤梨(XP_020114228.1)、大叶藻(KMZ62676.1)的亲缘关系较近.MabZIP53在不同非生物胁迫(低温,干旱,盐)下均上调表达,尤其干旱胁迫下相对表达量最为显著.在接种Foc
蔗糖磷酸合成酶(sucrose phosphate synthase,SPS)是调控蔗糖合成途径的关键酶之一,SPS受SPS基因家族编码.本研究基于香蕉基因组数据库,鉴定出3个香蕉SPS基因,分布在4、6、9号染色体上,命名为MaSPS1～MaSPS3基因,其蛋白氨基酸数目在1043～1061 aa之间,分子量介于116.36～118.89kD之间,理论等电点在5.86～6.33之间,均为不稳定的亲水性蛋白,都不存在信号肽,蛋白二级结构都主要由α-螺旋和无规则卷曲组成.MaSPS1和MaSPS2蛋白主要分
铁是水稻必需的微量营养元素之一,但是土壤中积累过量亚铁盐会对水稻造成毒害作用.本研究通过生物信息学方法挖掘水稻Affymetrix表达谱芯片的数据,研究水稻种质Epagri108在铁毒胁迫处理和对照条件下的基因差异表达情况.结果显示,筛选到差异倍数在2倍及以上的基因407个,以对照处理组作为参照,铁毒胁迫条件下上调基因330个,下调基因77个.Gene Ontology和信号通路分析结果表明,这些差异表达基因主要涉及氧化还原反应、糖代谢、氨基酸代谢等生物学过程.本研究通过挖掘这些数据,初步探讨水稻在铁毒胁
4香豆酸辅酶A连接酶(4-coumarate:coenzyme A ligase,4CL)是黄酮类、木质素生物合成的关键酶之一,位于苯丙氨酸代谢途径的主途径向分支途径过渡的关键点上,控制进入不同的次生代谢支路以产生不同的次级代谢产物.本试验以甘青青兰(Dracocephalum tanguticum Maxim)为材料,利用PCR技术从甘青青兰中克隆出该家族成员一个基因,命名为Dt4CL1,利用双酶切及质粒重组法构建过表达载体Dt4CL1-PHB.对该基因编码的蛋白进行理化性质、疏水性、信号肽、二级结构、
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