我国是世界中药资源多样性最丰富的国家,也是中医药应用最为广泛和历史悠久的国家。长期以来,大量中药资源物种基因组遗传变异信息的缺乏导致了中药资源保护和开发利用的各种问题,制约了中药的现代化进程。分子系统学是理解地球生物多样性形成与演化规律,促进资源多样性保护和利用的重要工具。随着测序技术的发展,基因组大数据的使用将传统的分子系统学拓展到系统基因组学研究的水平,使其更加广泛的应用到生物学研究的各个方面。对于中药资源物种开展系统基因组学研究,将会极大的促进中药资源的保护、分子鉴定评价和天然药效成分的挖掘利用,推动中药现代化进程。该文以此为出发点,首先简述系统基因组学的发展历程和基本研究方法,在此基础上综述目前相关于中药资源物种的系统基因组学研究进展,最后讨论目前研究和应用中存在的问题以及进一步的发展方向,以期为相关研究提供参考。