结合自由能微扰积分法及其在药物研发中的应用

来源 :广西科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：gankai0319

【摘要】

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以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过程中取得

【作者】

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甘雨满刘永宏刘锴

【机构】

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广西中医药大学海洋药物研究院,中国科学院南海海洋研究所

【出处】

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广西科学

【发表日期】

：

2020年5期

【关键词】

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分子动力学模拟自由能计算微扰积分法热力学循环药物设计 molecular dynamics free energy calculation pertur

【基金项目】

：

国家自然科学地区基金项目(31960019),广西高校引进海外高层次人才“百人计划”项目(桂教师范[2019]71号),广西自然科学青年基金项目(2019GXNSFBA185023),广西中医药大学新进博士科研启动项目(2018BS038,2018BS044),广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2019KY0326),广西中医药大学海洋药物研究院团队科研专项(2018ZD005),广西八桂学

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以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过程中取得巨大成功。与MM/PB(GB)SA计算相比,结合自由能微扰积分法通过构建严谨的热力学循环,可对结合自由能进行精确计算,但因为其计算量巨大,所以在实际中应用相对较少。近年来,随着高性能计算机的发展和动力学模拟技术的革新,基于结合自由能微扰积分法的结合自由能计算逐渐成

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