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农业非点源污染控制是一个复杂的系统工程，将技术手段与当地环境经济条件整合在一起。建立管理措施的优化方案，是我国流域环境保护与经济发展矛盾突出国情的基本要求．本文以福建省九龙江西溪五川流域为例．提出了控制农业非点源污染的最佳管理措施优化设计的两个步骤．一是通过模拟模型进行敏感参数分析．提出控制敏感参数的管理措施；二是借助运筹学模型．对第一步骤所提的管理措施进行环境经济效果的优化，从而得到成套方案．结果表明，以这样两个步骤设计最佳管理方案。可以确保在控制非点源污染的基础上，经济投入最小．