论文部分内容阅读
[目的]利用已获得的纳米孔长读段测序数据完善现有的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis参考基因组注释信息,并对未注释的新基因和新转录本进行鉴定和功能注释.[方法]基于已获得的纳米孔长读段测序数据,采用gffcompare软件将蜜蜂球囊菌全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较,进而对参考基因组注释基因的非翻译区(untranslated region,UTR)进行延长.利用TransDecoder软件对蜜蜂球囊菌基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)及相应的氨基酸序列进行预测.通过MISA软件发掘长度在500 bp以上的全长转录本的SSR位点.通过Blast工具将鉴定到的新基因和新转录本比对Nr,KOG,eggNOG,Swiss-Prot,Pfam,GO和KEGG数据库进行功能注释.[结果]共对蜜蜂球囊菌的9 481个基因进行了UTR延长,其中5'UTR和3'UTR延长的基因分别有4 744和4 737个.共预测出10 492个完整ORF,其中编码长度分布在0～100和100～200个氨基酸的ORF最多,分别占ORF总数的38.96％和36.90％.共鉴定到5 286个SSR,其中单核苷酸重复、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复的SSR分别为1 870,826,2 398,138,43和11个.共鉴定到1 558个新基因,其中有1 556,731,330,592,1 177,709和589个新基因可分别被注释到Nr,Swiss-Prot,Pfam,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库.此外,还鉴定到14 403条新转录本,其中有14 376,8 524,7 276,7 405,12 035,7 891和6 855条新转录本可分别被注释到上述7个数据库.[结论]本研究利用已获得的纳米孔长读段测序数据对蜜蜂球囊菌的完整ORF进行了预测,对参考基因组的已注释基因进行了UTR延长,对未注释的SSR位点进行了发掘,此外还鉴定到大量未注释的新基因和新转录本,并对它们进行了功能注释.研究结果较好地完善了现有的蜜蜂球囊菌的基因组注释,为其组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础.