旨在通过高通量测序技术比较马身猪与晋汾白猪不同生长发育阶段结肠微生物菌群结构与特征的差异。本研究以马身猪和晋汾白猪为试验对象,分别在仔猪1、28和70日龄3个阶段随机挑选体重相近的3头公猪,采用16S rRNA高通量测序技术对结肠微生物多样性进行研究。通过菌群分类学分析发现,两个品种仔猪肠道微生物分布于15个门、28个纲、59个目、100个科、290个属。厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,平均所占比例分别为49.03%、31.94%。仔猪刚出生时品种间肠道微生物多样性差异不显著,随着仔猪生长发育,各品种微生物多样性出现极显著升高,在晋汾白猪仔猪保育阶段(28～70 d)基本趋于稳定。两品种仔猪不同阶段的特异菌群随着日龄增加出现显著差异。关联分析发现,肠道菌群与血清中内毒素(LPS)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)浓度之间存在显著相关性(P<0.05),而与二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)浓度相关性不显著(P>0.05)。不同品种间,与LPS、TNF-α、IL-6显著相关的结肠微生物菌群存在差异。综上表明,仔猪结肠微生物菌群结构与组成在不同品种、不同生长发育阶段均存在显著差异,对仔猪免疫性能具有重要作用。