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根据制造信息系统的特点,提出制造企业复杂信息系统自组织过程框架结构,定义制造信息系统的宏观序参数,对多个序参量影响下的制造系统目标分解、序参量变化及相互作用过程进行数学描述。通过映射耦合函数的建立,使用二叉树遍历的思想阐述用双向输出自动机构造的接口Agent在自组织过程中的作用。以降低生产成本为例对制造信息系统自组织过程及对系统状态的影响做进一步分析。