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北祁连中西段发育三套早古生代蛇绿岩及相应的基性、超基性岩，呈北、中、南三条带状分布。区内金的活化、迁移主要受控于超基性岩带和与其分布近于一致的两条韧性剪切带，金矿化主要发生在强蚀变超基性岩体内、岩体与岩接触带、断裂破碎蚀变带内。根据包裹体测温及成分测定、稳定同位素特征资料及超基性岩中金丰度值等分析，金矿物质主要来自超基性岩，流体来源于深部，其成因属与超基性岩有关的韧性剪切带型金矿床。