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主体功能区的建立能够有效整合资源，充分利用各个地区的发展优势，弥补各区域在生态环境保护中的不足，为生态资源的保护提供新思路。主体功能区生态预算系统，通过主体功能区各区域生态责任的科学划分以及生态资源和生态财政指标的确定，通过生态预算编制、生态预算执行、生态预算决算形成了生态环境保护从决策、执行到反馈的有机系统工程，促进了生态环境保护的科学性和可持续性，为政府生态环境政策的制定提供了有效的参考依据。