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目的:建立一种采用LC-QTOF/MS同时测定他达拉非原料中3个潜在基因毒性杂质：氯乙酰氯（JD-1）、（1R,3R）-1-（1,3-苯并二氧戊环-5-基）-2-（氯乙酰基）-2,3,4,9-四氢-1H-吡啶并[3,4-b]吲哚-3-羧酸甲酯（JD-2）和（1S,3R）-1-（1,3-苯并二氧戊环-5-基）-2-（氯乙酰基）-2,3,4,9-四氢-1H-吡啶并[3,4-b]吲哚-3-羧酸甲酯（JD-3）含量的方法。方法:采用苯胺为衍生化试剂，对样品进行前处理，采用YMC-PackODS-AQ色谱柱进行分离，采用乙腈和水体系为流动相，进行梯度洗脱，流速为1.0 mL·min-1。质谱采用电喷雾离子源，负离子模式下选择[M-H]-m/z 168.050 0和[M-H]-m/z 425.085 5作为JD-1和JD-2、JD-3的定量离子。结果:3个潜在基因毒性杂质在37.5～112.5 ng·mL-1范围内线性关系良好（r>0.990 0）,JD-1、JD-2和JD-3的定量限（LOQ）分别为3.8、7.3和4.1 ng·mL-1,3个潜在基因毒性杂质的平均回收率均在80%～120%范围内，重复性试验含量RSD均小于10%。3批原料中JD-2的含量分别为19.5、22.1、20.0μg·g-1,JD-3的含量分别为21.9、10.1、16.3μg·g-1,3批原料中均未检出JD-1。结论:该方法结果可靠，可用于他达拉非原料中3个潜在基因毒性杂质JD-1、JD-2、JD-3的含量测定。