红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是中国北方重要的海水养殖鱼类。本研究通过Illumina测序技术对13月龄和15月龄红鳍东方鲀的脑组织和肌肉组织共12个样本进行了转录组测序与分析。结果表明：在脑组织样本平均共得到5 510万条原始reads，在肌肉组织样本中平均共得到5 482万条原始reads。在15月龄相对13月龄脑(BB15vsBB13)中筛选到554个差异基因，其中234个上调表达基因，320个下调表达基因。15月龄相对13月龄肌肉(MB15vsMB13)中筛选到380差异基因，其中253个上调表达基因，127个下调表达基因。GO富集结果将差异基因分为生物过程、细胞组成、分子功能三个层面。根据KEGG代谢通路分析，在BB15vsBB13中，注释到163个差异基因，共富集到82条通路上，其中MAPK信号通路和神经信号传递通路的富集程度最高。在MB15vsMB13中注释到138个差异基因，富集到97条通路上，其中也是MAPK信号通路富集程度最高。共筛选出3个可能与生长相关基因MSTN2、IER2、C-FOS。研究结果为今后开展红鳍东方鲀的基因研究提供了有价值的参考信息，也为改善养殖红鳍东方鲀的生长、抗逆和抗病能力的研究提供科学依据。