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毛泽东没有听信苏联顾问告的黑状，仍让叶飞担任党政军一肩挑的“封疆大吏”
新中国成立后，与台湾一水之隔的福建成了最前线。建设和巩固福建海防，不仅是福建的事，也是全国防务的大事，关系到共和国的安全。１９５２年１１月底，福建省委召开海防工作会议，主持福建党政军工作的叶飞就当前沿海对敌斗争形势和特点作报告，提出福建军民的基本任务，确定把海防工作作为沿海的中心任务、全省的重要工作之一。是年１２月，蒋介石为了配合美军的朝鲜作战，拟从台湾、金门调动一部兵力（据报１个军）进攻福建岛屿，并妄图攻占二三个县。中央要求福建军区不要依赖任何外援以现有兵力粉碎敌军的进攻。彭德怀向周恩来提议，要中央让已任华东局第四书记的张鼎丞回福建主持党政工作，使叶飞能专心于军事领导。周恩来马上与张鼎丞通了电话，作了任务布置，并在１２月２６日将此情报告毛泽东。２８日，毛泽东亲自起草文件，以中央和军委名义，向华东局、华东军区、福建省委、福建军区并中南军区，发出《加强防备，粉碎国民党军对福建沿海的进攻》的指示，其中特别说明：“张鼎丞同志即回福建担任省委书记并省府主席，叶飞同志专任军事。在张鼎丞同志未到福州前，由他人暂行主持省委、省府工作，叶飞同志立即抽出身来全神贯注于对敌作战方面。”
关于海防，叶飞与苏联顾问有过争论。苏联顾问大国沙文主义思想严重，对福建前线的作战部署指手划脚，横加指责，不像顾问倒像领导，要求按他们提出的防御方案，单纯地消极防御。叶飞当然不干，说我们的方案是积极防御的方案，是经华东军区、毛主席批准的，苏联红军没有我们的作战经验，你们的卫国战争也与我们不同。苏联顾问连连摇头，简直连听也不想听，好像叶飞讲的是什么“海外奇谈”。
第二个争论更是可笑。叶飞在谈及登陆作战时，说要总结自己的经验教训，同时要学习人家美国、英国的战例。而苏联专家则要求叶飞学习他们的登陆作战经验。在叶飞看来，苏联专家热情细致，一丝不苟，对中国确有帮助，但往往脱离实际，硬搬教条，因此，他不太买苏联顾问的账，说：学习先进的经验本来无可厚非，但只此一家，别无分店，这只能把自己禁锢起来了；而且在二次世界大战中，英美军队登陆作战经历较多，而苏军则缺少这方面的实战战例。
这样一来，苏联总顾问可就大光其火了，在陈毅面前指责叶飞是个“英美派”，还向中央军委告了黑状，回苏前又向毛泽东告状，说“叶飞此人靠不住”，要撤职，还说要告到斯大林那里。但毛泽东相信叶飞，由叶飞镇守新中国的东海海防，他感到放心，东山保卫战的胜利，即是最好的证明。毛泽东不仅没有采纳苏联顾问的建议撤销叶飞的前线指挥权，还想亲眼见一见麾下这位敢于得罪苏联顾问的大将。
１９５３年１０月，叶飞抵京翌日，即与陈毅、张鼎丞等华东局、华东军区领导人来到中南海颐年堂。刚坐定，毛泽东就在主持军委工作的彭德怀陪同下，大步走进来。彭德怀见大家已站起来，意欲抢先一步作介绍，毛泽东却向陈毅、张鼎丞点点头，径直向叶飞走去：“你是叶飞？”
叶飞起身立正报告：“主席，我就是叶飞。”
毛泽东动情地握住了叶飞的手，端详着他：“打了这么多年交道，今天终于见了庐山真面目了。”
短短一句话，在叶飞心里涌起一股暖流。
毛泽东招呼大家坐下后，要叶飞先汇报厦门海堤的进展情况。毛泽东听得认真，连连称赞厦门海堤工程有远见，是百年大计，不仅对当前准备打仗，对今后经济建设也有不可估量的意义。
接着，叶飞又汇报了福建前线的战略部署。毛泽东说：“东山岛战斗打得不错，他们（指国民党军）可能会老实一阵子，但不会一直老实下去，要提高警惕，要有打仗的思想准备。但不管怎么说，往后打仗的机会是少多了，要集中精力搞生产、搞建设。”
讲到这里，毛泽东意味深长地扫了大家一眼，说：“打仗，我们有经验；搞建设，就要重新学习，向苏联学习，向实践学习，向所有内行的人学习。此外，还要沉下心来读书，不光读政治书，学马列理论，也要读点历史，还要读点技术知识书。”
毛泽东熟悉历史，与人交谈也喜欢讲历史，大凡历史事件、历史典故、历史人物，他信手拈来，娓娓而谈，发人深省。叶飞对此感触很深，他说和毛主席交谈，最喜欢听毛主席讲历史，也最怕毛主席考历史。毛泽东提出全党要学点历史，并把它作为培训干部的方法之一。叶飞对此铭记在心，熟读了大量历史典籍，在讲话中也习惯引经据典。
这次会见快结束时，毛泽东再次把目光投向叶飞，和蔼地问，你去过朝鲜吗？得知没有，毛泽东便建议说：“你们几个也没有去过吧，应该去，朝鲜战争打得不错，特别是最后几仗，值得研究。前些天参观团回来说，亲眼看一看很有收获，你们应该去一下。”
毛泽东在朝鲜战争爆发后，没派叶飞这员勇将赴朝，主要是让他镇守海疆，防着台湾的蒋介石。但此时考虑让他赴朝参观，研究战情，也有深意。
在这次会见后的当月，叶飞与杨勇、张爱萍、王平等高级将领一同赴朝考察，回国后还向毛泽东写了报告。
１９５４年１０月２９日，中共中央考虑到张鼎丞已当选最高人民检察院检察长，下文批示：“免去张鼎丞福建省委书记、福建省人民政府主席职务，由叶飞继任”。此后，叶飞身兼省委第一书记、省长及南京军区副司令员、福建军区司令员等职。福州军区成立后，转任司令员兼第一政委、党委第一书记。直到１９５７年１０月，韩先楚来福建后，叶飞才卸下了福州军区司令员的重任。当时，总政治部主任罗荣桓元帅代表军委找叶飞谈话，说他还是军队的人，保留军籍，是军队干部兼地方。所以，叶飞的关系一直都在军队，拿的也是军队的工资，军委为此通知了福州军区。直到离开福建，叶飞都还兼着福州军区第一政委、党委第一书记的职务。像叶飞这样长时间党政军一肩挑、又加授上将衔的“封疆大吏”，在解放后党的高级干部中只有三人（另两人是韦国清、王恩茂）。由此可见毛泽东对叶飞的高度信任。
“七千人大会”后，毛泽东请叶飞等人吃春节团圆饭，说你们“代我受气了”
毛泽东是“大跃进”和“人民公社化”运动的倡导者和推动者，也是党中央领导集体中较快地通过调查研究觉察到运动发展中出现尖锐问题的领导人。１９５８年１１月，毛泽东主持召开第一次郑州会议，提出纠正“左”倾错误。叶飞领导福建也为纠“左”作了初步的努力，指出在实践中“既要有冲天的革命干劲，又要有科学分析的态度；既要轰轰烈烈又要踏踏实实，既要有火热的心，又要有冷静的头脑”。
１９６２年初，中共中央在北京召开有中央局、省委、市委、自治区党委、地委、县委和重要厂矿党委主要负责同志参加的扩大的中央工作会议（史称“七千人大会”）。会议主要讨论近几年的工作经验和端正工作作风问题，还讨论经济建设的形势和规划。毛泽东在１月３０日发表的长篇讲话中，讲了６个问题，中心是民主集中制。他说因为没有民主，第一书记就独断专行，当年西楚霸王是不爱听不同意见的，最终被“豁达大度、从谏如流”的刘邦打败，这才有了“霸王别姬”。他既严肃又不失风趣地说：我们现在有些第一书记，连封建时代的刘邦都不如，倒有点像项羽，“这些同志如果总是不改，难免有一天要‘别姬’就是了。”
毛泽东讲话中点了３个省委第一书记的名字，说他们在工作中有缺点错误，民主作风不够好，老虎屁股摸不得。叶飞名列其中，另两位是浙江省委第一书记江华和安徽省委第一书记兼山东省委第一书记曾希圣。毛泽东的本意是让他们注意这方面的问题，后来他们在会上也作了自我批评。可在“文革”中，造反派却据此给他们扣上“小霸王”的帽子，列为“反对毛主席、反对毛泽东思想的罪证”之一，不久，一“霸”倒了（曾希圣），一“霸”养病（江华），一“霸”火烧（叶飞）。这是后话。
毛泽东讲话的当天晚上，周恩来受中央委派专门来福建组，请大家踊跃发言，大胆提意见。自这天晚上起，周恩来先后７次到福建组（有时是小组）听取４０多位代表的发言，边听边记录，鼓励出气。与会者的意见并非全是批叶飞的，不少主要是批省委的，但因为叶飞是省委“班长”，所以自然成了批评的中心。这些意见中，对“党内民主生活不正常”批得最为集中。周恩来在２月３日的讲话中，引用历史人物的“君臣关系”，语重心长地对福建省委领导作风上存在的问题进行批评。他说：唐代皇帝李世民，能听魏征的反对意见，“兼听则明”，把唐朝搞得兴盛起来，他们是君臣关系，还能做到这样。我们是同志关系，就更应该这样了。我们要提倡讲真话，即使是讲过了火的话也要听。周恩来还说：５年来五大运动，１９５７年反右派，１９５８年拔白旗，１９５９年反右倾，１９６０年整风整社，１９６１年民主革命补课、夺取领导权。这五大运动每年一个，偏差不少。主要责任在中央，因为是中央提倡的。搞错了的要平反，要做细致的工作。
周恩来这次讲话，共讲了１０个问题，切中时弊，感人肺腑。叶飞和大家听了深受教益，表示坚决拥护。叶飞在本小组会议上诚恳地作了自我批评，他说：“这几天我的思想很紧张，吃了安眠药也睡不着觉，还掉了眼泪，决心接受大家的批评，改正自己的错误和毛病，并请大家今后继续对我进行批评和监督。”
批评会开了几天后，周恩来刹车，说会议到此为止，回去后也不要搞这种大民主。批评会刹车后，陈毅在中央领导人中第一个来看叶飞，既批评他，更勉励他知错就改，振作起来。
２月５日春节，毛泽东专门请华东几个第一书记在北京饭店吃饭，一共摆了４桌。出席者除大会上被点了名的华东３位省委书记外，还有周恩来、邓小平、陈毅、薄一波、谭震林、李富春、江渭清、杨尚奎、柯庆施、谭启龙等人。叶飞同毛泽东、周恩来、陈毅、柯庆施等坐一桌。宴会特别规定，带夫人或小孩一起来，于是叶飞带了在北京读书的大女儿叶小楠。夫人们跟邓小平等副总理一桌，孩子们自成一桌。孩子们一个个给毛泽东敬酒，毛泽东站起来喝，有时周恩来代喝，气氛很好。
华东几个书记在七千人大会上几乎都受到了批评，连柯庆施也不例外。毛泽东请华东省市的书记们吃饭，可谓是用心良苦。他的开场白很简短：你们第一书记代中央承担压力，代我受气了。中国人是讲过年的，以前每次中央会议都要让大家回去过年，现在我们一起过吧。饭后，叶小楠发现，原本心事重重的父亲显得十分轻松。
“七千人大会”上，毛泽东提出“坚持真理，修正错误，有错必纠，全错全纠，不错不纠，错多少，纠多少”，这是对“左”的错误实事求是的态度。叶飞的突出特点是贯彻执行中央指示非常迅速而坚决。为了贯彻中央指示，缓和人民内部矛盾，以利于齐心协力渡过经济难关，福建省委在叶飞领导下，一面加紧对国民经济进行调整，一面迅速着手对在历次政治运动中被错误批判和处分的党员、干部进行甄别平反。他还向那些作了过火批判的干部登门道歉，态度非常诚恳，希望捐弃前嫌，填平鸿沟，携手把工作做好。
为了叶飞的“解放”和工作安排，毛泽东先后两次做批示
１９６６年７月底，叶飞赴京参加中共八届十一中全会。会上，他虽然接替病故的刘亚楼由中央候补委员递补为中央委员，但并没有因为身上的光环更多了而有所喜悦，相反，心情一点也不轻松。刘少奇和林彪位置的升降严峻地表明了眼下的政治气候，对照会议的论调，叶飞在向高校派工作组问题上和刘少奇一样，犯了“路线错误”。他和其他一些负责人一样，不得不对本省开展的“文革”运动作检查。
会上，针对陈伯达支持红卫兵造反等问题的发言，各部委和省市负责人大都感到难以理解。毛泽东说：不是要打倒你们，是烧一烧，让群众解解气。叶飞在了解毛泽东的意图后，认为只有承认走了资本主义道路才能在运动中过关。
８月７日，叶飞继在华东小组的检讨后，又给毛泽东写了封检讨信，表示要狠下苦功，认真学习主席著作，以主席的思想来改造自己的非无产阶级世界观，在“文革”中放下臭架子，甘当群众的学生，放手发动群众，引火烧身。
毛泽东接信后，当即在上面批示，在“我最严重的错误，就是存在相当严重的资产阶级个人主义思想意识，没有改造好”一句的“相当”后面批示“不是相当而是极端”，并在句末加批：“不是没有改造好，而是根本没有得到改造。不然不能解释何以犯下了下述那些错误。”全会还把这封经过“御批”的信作为全会第１６份文件发给与会者。
毛泽东的批示虽只有两句，语气却是相当严厉。一些战友不禁为叶飞担心，同时也不免产生疑问：如此一位身历百战、受过血与火考验、并经过社会主义教育和各种政治运动的革命者，怎么会是“根本没有得到改造”呢？照理说，毛泽东与叶飞虽然见面较迟，但战争年代早有耳闻，解放后的接触也不少，怎么会作出如此严厉的批评呢？
叶飞却认为毛泽东的批评，对自己不过是“烧一烧”，自己得理解毛泽东的意图，因此心里虽不太想得通，倒没有特别难受。会后曾对女儿小楠说：“现在被批臭的人，将来是香的，现在是香的，以后搞不好会臭。我这次回福建，要有思想准备，准备戴高帽、做检讨。”
以前大大小小的运动，叶飞在吃透中央精神的情况下，根据福建情况开展，都能掌握。但“文革”却使他心中无数，只能依照报纸的舆论导向搞，局面越来越控制不住，他弄不清毛泽东的真实意图是什么？要达到什么目标？
１９６７年１月，在全国性夺权风暴的影响下，福建一批造反派组织也夺了省委和省人委（省政府）的权。１６日，叶飞竟被强行拉上车戴着高帽游街示众，他那当省教育厅长的夫人也被拉去陪斗。随后，处境日益艰难。
叶飞和华东局、中南局其他省市委负责人的境况被周恩来知道后，担心地方一把手都被抓了，今后工作怕没人负责了，建议将他们接到北京养病。毛泽东说：也烧得差不多了，你们拟个名单，保一下他们吧。根据毛泽东的批示，周恩来找到陈毅、李先念、谭震林等商量，把华东局、中南局拟接北京保护的领导人名单列了出来。毛泽东批示同意后，周恩来亲自给福州军区副司令员皮定均打电话，要他负责将叶飞绝对安全地送到北京。
叶飞是地方大员中第一个被接到北京的。２月８日一到京，即被安排住进京西宾馆。随后，江渭清、江华、杨尚奎等第一书记们也接踵而至。起初因为比较自由，又受到保护，叶飞心情尚好，而且陈毅在看望他们时透露了一个信息：主席讲，运动可能差不多了，二三月见眉目，四五月扫尾，你们中不能回原地工作的，可以换个地方嘛。孰料，不久即发生了所谓的“二月逆流”，此后江青、陈伯达控制的中央文革小组基本上取代了政治局的职能。京西宾馆不平静了。４月，叶飞和其他第一书记们搬到中直招待所。５月，形势急转直下，《人民日报》公开点名批叶飞。叶飞的处境很快恶化，先是行动受到限制，后来被囚禁在北京卫戍区驻通县的一个部队营房，失去了自由。
陈伯达与叶飞早就有隙，这下自然不会放过叶飞。１１月，叶飞被隔离审查。好在监禁期间还允许看书，横下心来的叶飞便定下学习计划，叫孩子们给他搬来毛泽东选集、马恩全集、列宁哲学笔记以及鲁迅全集、二十四史等书，不少书还是向别人借的。
叶飞在监禁中精读或通读了这些书，特别是带着问题学毛著，他力图从毛著中寻找到解答疑问的一些线索。毛泽东为什么要发动“文化大革命”？对此问题他百思不得其解，直到晚年，还经常找有关书籍来看，希望能有所解惑。
叶飞不仅自己读这些书，还给孩子们开了书目并介绍他们读“联共布党史”，使他们明白挫折什么时候都有，苏联也有，但信念不能改变，对党要有信心。
叶飞镇守福建１７年，成为与台湾蒋介石集团对峙的重要对手，台湾方面朝思暮想要打倒他，没想到他却被共产党自个儿打倒了。因此那段时间，台湾方面幸灾乐祸，到处造谣。因为有海外关系等，叶飞一度还戴上了“国特”的帽子。对“国特”嫌疑叶飞根本不当一回事，他相信毛泽东了解他，会实事求是作出判别，因此他显得气定神闲。
“九一三”林彪自我爆炸后，叶飞的处境有所改善。１９７２年，在周恩来干预下，叶飞得以在北京阜外医院检查治疗。翌年６月，经主持军委日常工作的叶剑英批示，叶飞住进了总后３０４医院。陈毅夫人张茜来探望时，带来了邓小平谭震林李井泉已恢复名誉、乌兰夫也已解放的消息，建议他给毛泽东写封信。
叶飞考虑到，“七一”快到了，就从纪念党的生日讲起吧。于是他写道：
敬爱的主席：党的生日快到了，作为一个从小在党的培养教育下成长起来的老战士、共产党员，此刻非常激动，非常想念您老人家。祝您身体健康。
长期以来，由于自己对主席思想学得不好，领会不深，犯了错误，感到很苦恼。但想检查，改正错误，当前一看不到文件，二不能与人接触，得不到同志们的批评帮助，这对自己改正错误非常不利。希望能解除监护，以利自己学习提高，改正错误……
信于６月１９日交儿子小宇送出后，叶飞心里并不抱太大的希望。谁料，２５日，毛泽东就把叶飞的信批给了中央负责组织工作的纪登奎和中办主任汪东兴：“纪、汪酌处，此人似可解放，分配工作。”毛泽东的批示一下，中央组织部立即宣布“解放”叶飞。
叶飞感慨万分，觉得毛泽东毕竟还是了解自己的。就这样，在历经六年多的监禁、关押后，叶飞终于获得自由，住进了中组部万寿路招待所。李井泉、宋任穷、陈丕显、江华、江渭清等刚解放的战友前来道贺，说像叶飞这样写信一个星期毛主席就批了的，还是第一个。
叶飞觉得自己既已解放，就应当再给毛泽东写封信，报告自己正在抓紧时间读书学习、休息待命。毛泽东接信后，大笔一挥：“既已解放，应立即分配工作。”有了这个“御批”，在一个月后召开的党的“十大”上，既非代表、甚至没有列席会议的叶飞，当选为中央候补委员。
１９７４年１２月下旬，“四人帮”妄图在四届人大上组阁。当王洪文随同周恩来飞赴长沙，拿出拟定的国务院各部部长名单，请毛泽东过目时，毛泽东提笔将交通部长的候选名单圈掉，尔后一笔一划地写下两个字：叶飞。在政府机构中，交通部长很为“四人帮”看重，为今后造反夺权能提供交通方便，因此拼命想争这个位置，但毛泽东破灭了他们的美梦。
叶飞深切地感到毛泽东对自己的信任，但他面临的局面却是棘手的。“文革”期间的交通系统，在全国多数地区都是遭受破坏最严重的单位之一，尤其是几个大港口，在“四人帮”死党的挑动下，山头林立，武斗迭起，问题成堆。叶飞没有辜负毛泽东和党中央、国务院的重托，上任后亲率工作组，一个码头一个码头地跑，按照邓小平提出的全面整顿指示，排除万难，坚定而巧妙地清理了一大批冤假错案，澄清了交通战线的思想认识，并逐步恢复、健全了规章制度。
一年后，就在全国交通战线日益呈现新气象时，却传来毛泽东逝世的噩耗。全党痛失领袖，叶飞一边组织交通系统的悼念活动，一边坚守工作岗位，密切关注事态的发展。饱经沧桑的老将以特有的方式寄托自己的哀思。粉碎“四人帮”后，叶飞焕发了青春，拿出“只争朝夕”的精神，在交通部、海军、全国人大常委会等位置上兢兢业业地为党和人民工作，做出了重大贡献。叶飞对毛泽东发动“文革”虽然不解，但对毛泽东的敬仰和爱戴却至死不渝。
新中国成立后，与台湾一水之隔的福建成了最前线。建设和巩固福建海防，不仅是福建的事，也是全国防务的大事，关系到共和国的安全。１９５２年１１月底，福建省委召开海防工作会议，主持福建党政军工作的叶飞就当前沿海对敌斗争形势和特点作报告，提出福建军民的基本任务，确定把海防工作作为沿海的中心任务、全省的重要工作之一。是年１２月，蒋介石为了配合美军的朝鲜作战，拟从台湾、金门调动一部兵力（据报１个军）进攻福建岛屿，并妄图攻占二三个县。中央要求福建军区不要依赖任何外援以现有兵力粉碎敌军的进攻。彭德怀向周恩来提议，要中央让已任华东局第四书记的张鼎丞回福建主持党政工作，使叶飞能专心于军事领导。周恩来马上与张鼎丞通了电话，作了任务布置，并在１２月２６日将此情报告毛泽东。２８日，毛泽东亲自起草文件，以中央和军委名义，向华东局、华东军区、福建省委、福建军区并中南军区，发出《加强防备，粉碎国民党军对福建沿海的进攻》的指示，其中特别说明：“张鼎丞同志即回福建担任省委书记并省府主席，叶飞同志专任军事。在张鼎丞同志未到福州前，由他人暂行主持省委、省府工作，叶飞同志立即抽出身来全神贯注于对敌作战方面。”
关于海防，叶飞与苏联顾问有过争论。苏联顾问大国沙文主义思想严重，对福建前线的作战部署指手划脚，横加指责，不像顾问倒像领导，要求按他们提出的防御方案，单纯地消极防御。叶飞当然不干，说我们的方案是积极防御的方案，是经华东军区、毛主席批准的，苏联红军没有我们的作战经验，你们的卫国战争也与我们不同。苏联顾问连连摇头，简直连听也不想听，好像叶飞讲的是什么“海外奇谈”。
第二个争论更是可笑。叶飞在谈及登陆作战时，说要总结自己的经验教训，同时要学习人家美国、英国的战例。而苏联专家则要求叶飞学习他们的登陆作战经验。在叶飞看来，苏联专家热情细致，一丝不苟，对中国确有帮助，但往往脱离实际，硬搬教条，因此，他不太买苏联顾问的账，说：学习先进的经验本来无可厚非，但只此一家，别无分店，这只能把自己禁锢起来了；而且在二次世界大战中，英美军队登陆作战经历较多，而苏军则缺少这方面的实战战例。
这样一来，苏联总顾问可就大光其火了，在陈毅面前指责叶飞是个“英美派”，还向中央军委告了黑状，回苏前又向毛泽东告状，说“叶飞此人靠不住”，要撤职，还说要告到斯大林那里。但毛泽东相信叶飞，由叶飞镇守新中国的东海海防，他感到放心，东山保卫战的胜利，即是最好的证明。毛泽东不仅没有采纳苏联顾问的建议撤销叶飞的前线指挥权，还想亲眼见一见麾下这位敢于得罪苏联顾问的大将。
１９５３年１０月，叶飞抵京翌日，即与陈毅、张鼎丞等华东局、华东军区领导人来到中南海颐年堂。刚坐定，毛泽东就在主持军委工作的彭德怀陪同下，大步走进来。彭德怀见大家已站起来，意欲抢先一步作介绍，毛泽东却向陈毅、张鼎丞点点头，径直向叶飞走去：“你是叶飞？”
叶飞起身立正报告：“主席，我就是叶飞。”
毛泽东动情地握住了叶飞的手，端详着他：“打了这么多年交道，今天终于见了庐山真面目了。”
短短一句话，在叶飞心里涌起一股暖流。
毛泽东招呼大家坐下后，要叶飞先汇报厦门海堤的进展情况。毛泽东听得认真，连连称赞厦门海堤工程有远见，是百年大计，不仅对当前准备打仗，对今后经济建设也有不可估量的意义。
接着，叶飞又汇报了福建前线的战略部署。毛泽东说：“东山岛战斗打得不错，他们（指国民党军）可能会老实一阵子，但不会一直老实下去，要提高警惕，要有打仗的思想准备。但不管怎么说，往后打仗的机会是少多了，要集中精力搞生产、搞建设。”
讲到这里，毛泽东意味深长地扫了大家一眼，说：“打仗，我们有经验；搞建设，就要重新学习，向苏联学习，向实践学习，向所有内行的人学习。此外，还要沉下心来读书，不光读政治书，学马列理论，也要读点历史，还要读点技术知识书。”
毛泽东熟悉历史，与人交谈也喜欢讲历史，大凡历史事件、历史典故、历史人物，他信手拈来，娓娓而谈，发人深省。叶飞对此感触很深，他说和毛主席交谈，最喜欢听毛主席讲历史，也最怕毛主席考历史。毛泽东提出全党要学点历史，并把它作为培训干部的方法之一。叶飞对此铭记在心，熟读了大量历史典籍，在讲话中也习惯引经据典。
这次会见快结束时，毛泽东再次把目光投向叶飞，和蔼地问，你去过朝鲜吗？得知没有，毛泽东便建议说：“你们几个也没有去过吧，应该去，朝鲜战争打得不错，特别是最后几仗，值得研究。前些天参观团回来说，亲眼看一看很有收获，你们应该去一下。”
毛泽东在朝鲜战争爆发后，没派叶飞这员勇将赴朝，主要是让他镇守海疆，防着台湾的蒋介石。但此时考虑让他赴朝参观，研究战情，也有深意。
在这次会见后的当月，叶飞与杨勇、张爱萍、王平等高级将领一同赴朝考察，回国后还向毛泽东写了报告。
１９５４年１０月２９日，中共中央考虑到张鼎丞已当选最高人民检察院检察长，下文批示：“免去张鼎丞福建省委书记、福建省人民政府主席职务，由叶飞继任”。此后，叶飞身兼省委第一书记、省长及南京军区副司令员、福建军区司令员等职。福州军区成立后，转任司令员兼第一政委、党委第一书记。直到１９５７年１０月，韩先楚来福建后，叶飞才卸下了福州军区司令员的重任。当时，总政治部主任罗荣桓元帅代表军委找叶飞谈话，说他还是军队的人，保留军籍，是军队干部兼地方。所以，叶飞的关系一直都在军队，拿的也是军队的工资，军委为此通知了福州军区。直到离开福建，叶飞都还兼着福州军区第一政委、党委第一书记的职务。像叶飞这样长时间党政军一肩挑、又加授上将衔的“封疆大吏”，在解放后党的高级干部中只有三人（另两人是韦国清、王恩茂）。由此可见毛泽东对叶飞的高度信任。
“七千人大会”后，毛泽东请叶飞等人吃春节团圆饭，说你们“代我受气了”
毛泽东是“大跃进”和“人民公社化”运动的倡导者和推动者，也是党中央领导集体中较快地通过调查研究觉察到运动发展中出现尖锐问题的领导人。１９５８年１１月，毛泽东主持召开第一次郑州会议，提出纠正“左”倾错误。叶飞领导福建也为纠“左”作了初步的努力，指出在实践中“既要有冲天的革命干劲，又要有科学分析的态度；既要轰轰烈烈又要踏踏实实，既要有火热的心，又要有冷静的头脑”。
１９６２年初，中共中央在北京召开有中央局、省委、市委、自治区党委、地委、县委和重要厂矿党委主要负责同志参加的扩大的中央工作会议（史称“七千人大会”）。会议主要讨论近几年的工作经验和端正工作作风问题，还讨论经济建设的形势和规划。毛泽东在１月３０日发表的长篇讲话中，讲了６个问题，中心是民主集中制。他说因为没有民主，第一书记就独断专行，当年西楚霸王是不爱听不同意见的，最终被“豁达大度、从谏如流”的刘邦打败，这才有了“霸王别姬”。他既严肃又不失风趣地说：我们现在有些第一书记，连封建时代的刘邦都不如，倒有点像项羽，“这些同志如果总是不改，难免有一天要‘别姬’就是了。”
毛泽东讲话中点了３个省委第一书记的名字，说他们在工作中有缺点错误，民主作风不够好，老虎屁股摸不得。叶飞名列其中，另两位是浙江省委第一书记江华和安徽省委第一书记兼山东省委第一书记曾希圣。毛泽东的本意是让他们注意这方面的问题，后来他们在会上也作了自我批评。可在“文革”中，造反派却据此给他们扣上“小霸王”的帽子，列为“反对毛主席、反对毛泽东思想的罪证”之一，不久，一“霸”倒了（曾希圣），一“霸”养病（江华），一“霸”火烧（叶飞）。这是后话。
毛泽东讲话的当天晚上，周恩来受中央委派专门来福建组，请大家踊跃发言，大胆提意见。自这天晚上起，周恩来先后７次到福建组（有时是小组）听取４０多位代表的发言，边听边记录，鼓励出气。与会者的意见并非全是批叶飞的，不少主要是批省委的，但因为叶飞是省委“班长”，所以自然成了批评的中心。这些意见中，对“党内民主生活不正常”批得最为集中。周恩来在２月３日的讲话中，引用历史人物的“君臣关系”，语重心长地对福建省委领导作风上存在的问题进行批评。他说：唐代皇帝李世民，能听魏征的反对意见，“兼听则明”，把唐朝搞得兴盛起来，他们是君臣关系，还能做到这样。我们是同志关系，就更应该这样了。我们要提倡讲真话，即使是讲过了火的话也要听。周恩来还说：５年来五大运动，１９５７年反右派，１９５８年拔白旗，１９５９年反右倾，１９６０年整风整社，１９６１年民主革命补课、夺取领导权。这五大运动每年一个，偏差不少。主要责任在中央，因为是中央提倡的。搞错了的要平反，要做细致的工作。
周恩来这次讲话，共讲了１０个问题，切中时弊，感人肺腑。叶飞和大家听了深受教益，表示坚决拥护。叶飞在本小组会议上诚恳地作了自我批评，他说：“这几天我的思想很紧张，吃了安眠药也睡不着觉，还掉了眼泪，决心接受大家的批评，改正自己的错误和毛病，并请大家今后继续对我进行批评和监督。”
批评会开了几天后，周恩来刹车，说会议到此为止，回去后也不要搞这种大民主。批评会刹车后，陈毅在中央领导人中第一个来看叶飞，既批评他，更勉励他知错就改，振作起来。
２月５日春节，毛泽东专门请华东几个第一书记在北京饭店吃饭，一共摆了４桌。出席者除大会上被点了名的华东３位省委书记外，还有周恩来、邓小平、陈毅、薄一波、谭震林、李富春、江渭清、杨尚奎、柯庆施、谭启龙等人。叶飞同毛泽东、周恩来、陈毅、柯庆施等坐一桌。宴会特别规定，带夫人或小孩一起来，于是叶飞带了在北京读书的大女儿叶小楠。夫人们跟邓小平等副总理一桌，孩子们自成一桌。孩子们一个个给毛泽东敬酒，毛泽东站起来喝，有时周恩来代喝，气氛很好。
华东几个书记在七千人大会上几乎都受到了批评，连柯庆施也不例外。毛泽东请华东省市的书记们吃饭，可谓是用心良苦。他的开场白很简短：你们第一书记代中央承担压力，代我受气了。中国人是讲过年的，以前每次中央会议都要让大家回去过年，现在我们一起过吧。饭后，叶小楠发现，原本心事重重的父亲显得十分轻松。
“七千人大会”上，毛泽东提出“坚持真理，修正错误，有错必纠，全错全纠，不错不纠，错多少，纠多少”，这是对“左”的错误实事求是的态度。叶飞的突出特点是贯彻执行中央指示非常迅速而坚决。为了贯彻中央指示，缓和人民内部矛盾，以利于齐心协力渡过经济难关，福建省委在叶飞领导下，一面加紧对国民经济进行调整，一面迅速着手对在历次政治运动中被错误批判和处分的党员、干部进行甄别平反。他还向那些作了过火批判的干部登门道歉，态度非常诚恳，希望捐弃前嫌，填平鸿沟，携手把工作做好。
为了叶飞的“解放”和工作安排，毛泽东先后两次做批示
１９６６年７月底，叶飞赴京参加中共八届十一中全会。会上，他虽然接替病故的刘亚楼由中央候补委员递补为中央委员，但并没有因为身上的光环更多了而有所喜悦，相反，心情一点也不轻松。刘少奇和林彪位置的升降严峻地表明了眼下的政治气候，对照会议的论调，叶飞在向高校派工作组问题上和刘少奇一样，犯了“路线错误”。他和其他一些负责人一样，不得不对本省开展的“文革”运动作检查。
会上，针对陈伯达支持红卫兵造反等问题的发言，各部委和省市负责人大都感到难以理解。毛泽东说：不是要打倒你们，是烧一烧，让群众解解气。叶飞在了解毛泽东的意图后，认为只有承认走了资本主义道路才能在运动中过关。
８月７日，叶飞继在华东小组的检讨后，又给毛泽东写了封检讨信，表示要狠下苦功，认真学习主席著作，以主席的思想来改造自己的非无产阶级世界观，在“文革”中放下臭架子，甘当群众的学生，放手发动群众，引火烧身。
毛泽东接信后，当即在上面批示，在“我最严重的错误，就是存在相当严重的资产阶级个人主义思想意识，没有改造好”一句的“相当”后面批示“不是相当而是极端”，并在句末加批：“不是没有改造好，而是根本没有得到改造。不然不能解释何以犯下了下述那些错误。”全会还把这封经过“御批”的信作为全会第１６份文件发给与会者。
毛泽东的批示虽只有两句，语气却是相当严厉。一些战友不禁为叶飞担心，同时也不免产生疑问：如此一位身历百战、受过血与火考验、并经过社会主义教育和各种政治运动的革命者，怎么会是“根本没有得到改造”呢？照理说，毛泽东与叶飞虽然见面较迟，但战争年代早有耳闻，解放后的接触也不少，怎么会作出如此严厉的批评呢？
叶飞却认为毛泽东的批评，对自己不过是“烧一烧”，自己得理解毛泽东的意图，因此心里虽不太想得通，倒没有特别难受。会后曾对女儿小楠说：“现在被批臭的人，将来是香的，现在是香的，以后搞不好会臭。我这次回福建，要有思想准备，准备戴高帽、做检讨。”
以前大大小小的运动，叶飞在吃透中央精神的情况下，根据福建情况开展，都能掌握。但“文革”却使他心中无数，只能依照报纸的舆论导向搞，局面越来越控制不住，他弄不清毛泽东的真实意图是什么？要达到什么目标？
１９６７年１月，在全国性夺权风暴的影响下，福建一批造反派组织也夺了省委和省人委（省政府）的权。１６日，叶飞竟被强行拉上车戴着高帽游街示众，他那当省教育厅长的夫人也被拉去陪斗。随后，处境日益艰难。
叶飞和华东局、中南局其他省市委负责人的境况被周恩来知道后，担心地方一把手都被抓了，今后工作怕没人负责了，建议将他们接到北京养病。毛泽东说：也烧得差不多了，你们拟个名单，保一下他们吧。根据毛泽东的批示，周恩来找到陈毅、李先念、谭震林等商量，把华东局、中南局拟接北京保护的领导人名单列了出来。毛泽东批示同意后，周恩来亲自给福州军区副司令员皮定均打电话，要他负责将叶飞绝对安全地送到北京。
叶飞是地方大员中第一个被接到北京的。２月８日一到京，即被安排住进京西宾馆。随后，江渭清、江华、杨尚奎等第一书记们也接踵而至。起初因为比较自由，又受到保护，叶飞心情尚好，而且陈毅在看望他们时透露了一个信息：主席讲，运动可能差不多了，二三月见眉目，四五月扫尾，你们中不能回原地工作的，可以换个地方嘛。孰料，不久即发生了所谓的“二月逆流”，此后江青、陈伯达控制的中央文革小组基本上取代了政治局的职能。京西宾馆不平静了。４月，叶飞和其他第一书记们搬到中直招待所。５月，形势急转直下，《人民日报》公开点名批叶飞。叶飞的处境很快恶化，先是行动受到限制，后来被囚禁在北京卫戍区驻通县的一个部队营房，失去了自由。
陈伯达与叶飞早就有隙，这下自然不会放过叶飞。１１月，叶飞被隔离审查。好在监禁期间还允许看书，横下心来的叶飞便定下学习计划，叫孩子们给他搬来毛泽东选集、马恩全集、列宁哲学笔记以及鲁迅全集、二十四史等书，不少书还是向别人借的。
叶飞在监禁中精读或通读了这些书，特别是带着问题学毛著，他力图从毛著中寻找到解答疑问的一些线索。毛泽东为什么要发动“文化大革命”？对此问题他百思不得其解，直到晚年，还经常找有关书籍来看，希望能有所解惑。
叶飞不仅自己读这些书，还给孩子们开了书目并介绍他们读“联共布党史”，使他们明白挫折什么时候都有，苏联也有，但信念不能改变，对党要有信心。
叶飞镇守福建１７年，成为与台湾蒋介石集团对峙的重要对手，台湾方面朝思暮想要打倒他，没想到他却被共产党自个儿打倒了。因此那段时间，台湾方面幸灾乐祸，到处造谣。因为有海外关系等，叶飞一度还戴上了“国特”的帽子。对“国特”嫌疑叶飞根本不当一回事，他相信毛泽东了解他，会实事求是作出判别，因此他显得气定神闲。
“九一三”林彪自我爆炸后，叶飞的处境有所改善。１９７２年，在周恩来干预下，叶飞得以在北京阜外医院检查治疗。翌年６月，经主持军委日常工作的叶剑英批示，叶飞住进了总后３０４医院。陈毅夫人张茜来探望时，带来了邓小平谭震林李井泉已恢复名誉、乌兰夫也已解放的消息，建议他给毛泽东写封信。
叶飞考虑到，“七一”快到了，就从纪念党的生日讲起吧。于是他写道：
敬爱的主席：党的生日快到了，作为一个从小在党的培养教育下成长起来的老战士、共产党员，此刻非常激动，非常想念您老人家。祝您身体健康。
长期以来，由于自己对主席思想学得不好，领会不深，犯了错误，感到很苦恼。但想检查，改正错误，当前一看不到文件，二不能与人接触，得不到同志们的批评帮助，这对自己改正错误非常不利。希望能解除监护，以利自己学习提高，改正错误……
信于６月１９日交儿子小宇送出后，叶飞心里并不抱太大的希望。谁料，２５日，毛泽东就把叶飞的信批给了中央负责组织工作的纪登奎和中办主任汪东兴：“纪、汪酌处，此人似可解放，分配工作。”毛泽东的批示一下，中央组织部立即宣布“解放”叶飞。
叶飞感慨万分，觉得毛泽东毕竟还是了解自己的。就这样，在历经六年多的监禁、关押后，叶飞终于获得自由，住进了中组部万寿路招待所。李井泉、宋任穷、陈丕显、江华、江渭清等刚解放的战友前来道贺，说像叶飞这样写信一个星期毛主席就批了的，还是第一个。
叶飞觉得自己既已解放，就应当再给毛泽东写封信，报告自己正在抓紧时间读书学习、休息待命。毛泽东接信后，大笔一挥：“既已解放，应立即分配工作。”有了这个“御批”，在一个月后召开的党的“十大”上，既非代表、甚至没有列席会议的叶飞，当选为中央候补委员。
１９７４年１２月下旬，“四人帮”妄图在四届人大上组阁。当王洪文随同周恩来飞赴长沙，拿出拟定的国务院各部部长名单，请毛泽东过目时，毛泽东提笔将交通部长的候选名单圈掉，尔后一笔一划地写下两个字：叶飞。在政府机构中，交通部长很为“四人帮”看重，为今后造反夺权能提供交通方便，因此拼命想争这个位置，但毛泽东破灭了他们的美梦。
叶飞深切地感到毛泽东对自己的信任，但他面临的局面却是棘手的。“文革”期间的交通系统，在全国多数地区都是遭受破坏最严重的单位之一，尤其是几个大港口，在“四人帮”死党的挑动下，山头林立，武斗迭起，问题成堆。叶飞没有辜负毛泽东和党中央、国务院的重托，上任后亲率工作组，一个码头一个码头地跑，按照邓小平提出的全面整顿指示，排除万难，坚定而巧妙地清理了一大批冤假错案，澄清了交通战线的思想认识，并逐步恢复、健全了规章制度。
一年后，就在全国交通战线日益呈现新气象时，却传来毛泽东逝世的噩耗。全党痛失领袖，叶飞一边组织交通系统的悼念活动，一边坚守工作岗位，密切关注事态的发展。饱经沧桑的老将以特有的方式寄托自己的哀思。粉碎“四人帮”后，叶飞焕发了青春，拿出“只争朝夕”的精神，在交通部、海军、全国人大常委会等位置上兢兢业业地为党和人民工作，做出了重大贡献。叶飞对毛泽东发动“文革”虽然不解，但对毛泽东的敬仰和爱戴却至死不渝。