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随着集约化养殖的水平越来越高，大量饵料的投入，使水体中代谢产物的积累越来越高，加上水源的污染，使池塘中的负载量日益增大，如果池塘中再缺乏一定数量的有益菌（分解者），往往会造成水质变差、病菌大量繁殖，从而引起水产动物疾病。微生物群体对维持整个水环境的稳定具有重要的意义。因此，科学合理使用微生物制剂，改善水环境甚至杀灭有害菌，以增强动物本身的体质，降低被病菌感染的几率，对养殖成功具有重要的意义。目前水产养殖中常用的微生物制剂主要有以下几种：