目的 分析adc-57型头孢菌素酶分子进化及其对各种底物的结合自由能.方法 用mega 5.0软件中的最小进化法分析adc-57和其他19种β-内酰胺酶的分子进化,参照同类酶cmy-2型酶作同源建模获得adc67型头孢菌素酶分子的3d结构,并用arguslab 4.1软件中的dock模块作adc-57型头孢菌素酶与11种β-内酰胺类药物底物的分子对接,最后计算酶与底物的结合自由能值(△g).结果 adc-57与cmy-2、dha-1、adc-7、adc-56归属为c类β-内酰胺酶,均为头孢菌素酶,且与adc-56关系最为密切.adc-57与β-内酰胺类药物结合自由能下降居前3位的为厄他培南、头孢西丁和头孢他啶,结合自由能下降排在后2位的为克拉维酸和氨曲南.结论 adc-57型头孢菌素酶对厄他培南、头孢西丁和头孢他啶的催化能力高,而对克拉维酸和氨曲南的催化能力低.分子对接分析有助于了解酶对各种β-内酰胺类药物(各种底物)的水解能力.; abstract：; objective to analyze molecular evolution and binding free energies of cephalosporinase adc-57.methods minimum evolution method in mega 5.0 was used to analyze molecular evolution of cephalosporinase adc-57 and other 19 kinds of beta-lactamases.tertiary structure of adc-57 was predicted by homology modeling referring to tertiary structure of cmy-2.the molecular docking of adc-57 to 11kinds of beta-lactams substrates was performed using dock module in arguslab 4.1and the binding free energies (△g) was calculated.results adc-57,cmy-2,dha-1,adc-7,adc-56 were all belong to class c beta-lactamase,and molecular evolution between adc-57 and adc-56 was closest.the top three antibiotics with declining binding free energy of beta-lactams were ertapenem,cefoxitin and ceftazidine,while the last two were clavulanic acid and aztreonam.conclusions catalytic activities of cephalosporinase adc-57 to ertapenem,cefoxitin and ceftazidine are high,while to clavulanic acid and aztreonam are low. hydrolytic activities of enzyme to beta-lactams (substrates) can be analyzed by molecular docking.
ADC-57型头孢菌素酶分子进化及与底物结合自由能分析
【摘 要】
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目的 分析adc-57型头孢菌素酶分子进化及其对各种底物的结合自由能.方法 用mega 5.0软件中的最小进化法分析adc-57和其他19种β-内酰胺酶的分子进化,参照同类酶cmy-2型酶作同源建模获得adc67型头孢菌素酶分子的3d结构,并用arguslab 4.1软件中的dock模块作adc-57型头孢菌素酶与11种β-内酰胺类药物底物的分子对接,最后计算酶与底物的结合自由能值(△g).结果
【机 构】
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江苏省常州市第一人民医院呼吸内科,213003,江苏省常州市第一人民医院检验科,213003,江苏省常州市第一人民医院呼吸内科,213003
【发表日期】
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2012年5期
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