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文章以丹东农业科学院为例，从不同项目类型角度分析了地市级农业科研院所在项目管理中存在的问题，包括项目主持人执行能力不强、不同项目特点不显著、项目经费管理不科学等，除从内部因素（人才管理机制、项目管理制度等）分析其原因外，首次从外部因素（国家政策、市场机制等）对地市级科研院所科研规划、项目实施管理的影响进行阐述，提出了地市级科研院所应加强自身管理能力建设，立足农村、农民，充分发挥自身优势，以服务对象为宗旨定位自身发展等建议，并对新形势下地市级科研院所在项目管理方面的发展进行了探讨。