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为了解不同地理种群在适应当地栖息环境过程中的差异，于1996年利用直线夹日法对内蒙古呼和浩特平原和库布齐沙地环境，两个种群基因交流严重受阻的黑线仓鼠种群生殖特征进行了比较研究。结果表明，雌雄性比在平原环境较大，且秋季雌性明显增多，沙地环境全年维持稳定。平原环境雄性睾丸下降率在各季高于沙地环境近20%。平原环境雌性在夏季性成熟率较高，沙地环境为春季最高。平原环境中雌性怀孕率为春、夏季较高，沙地环境仅在春季最高，且小胎仔数（窝仔数少于4）所占比例较高（19.5%），两个种群平均胎仔数分别为6.0（平原）和5.