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通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析，探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性（AFLP）标记，在DNA水平上进行遗传多样性研究，筛选出12对选择性扩增引物，将扩增出的条带作为原始矩阵，用NTSYS．PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度，构建了遗传系统进化树。结果表明，50份杭白芷种质间，相似度均超过70％，总体上亲缘关系都比较接近，相对而言，ZYS002039和ZYS00．2045种质，与其他种质的遗传背景差异较大。