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对县级公立医院财政补偿机制进行了阐述和分析，通过新闻媒体报道和文献查阅，结合实地调研，对县级公立医院补偿机制现状进行分析总结。财政补偿机制在实际推行中出现障碍，出现了基本建设费用补偿不到位、设备购置落实情况较差、重点学科发展参差不齐、离退休人员费用补偿不足、政策性亏损的政策模糊不清和公共卫生服务补偿不明确等问题。要想充分落实财政六项定项补助政策，提高财政补偿效率，必须转变不合理的财政补偿方式。