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作为战略性新兴产业的重要组成部分，节能环保企业越来越受到社会的关注。R＆D活动是节能环保企业的难点和重点，关系到企业的资源配置和未来发展。本文利用数据包络分析方法（DEA），以节能环保企业的R＆D投入强度、技术人员比例等为输入指标，以无形资产比重、主营业务利润率、资本累积率等为输出指标，对我国节能环保企业的R＆D投资效率进行实证分析。并根据实证研究结果，提出了加大技术创新、优化资源转化率、强化信息披露、加强政府支持等完善措施。