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珍珠鸟(Taeniopygiaguttata)小染色体基因表达的密码子偏性

来源 :生物信息学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yayagrace8

【摘 要】

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从NCBI数据库（http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／projects／mapview／map）下载珍珠鸟全部小染色体基因的cDNA序列，最终共有1586个基因的CDS序列纳入统计分析。密码子的偏性分析使用CodonW（1．4．2）完成

【作 者】

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王樟凤 柴学文 黄润红 彭武林 饶友生 

【机 构】

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南昌师范学院生物技术研究所

【出 处】

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生物信息学

【发表日期】

：

2013年4期

【关键词】

：

珍珠鸟 小染色体 密码子偏性 Zebra Finch   Micro-chromosome   Codon Bias 

【基金项目】

：

江西省教育厅科学技术研究项目（GJJ12658）,江西省自然科学基金项目（2010GZN0021）.

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从NCBI数据库（http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／projects／mapview／map）下载珍珠鸟全部小染色体基因的cDNA序列，最终共有1586个基因的CDS序列纳入统计分析。密码子的偏性分析使用CodonW（1．4．2）完成，初步确定了UUC、UCC、UCG等27个密码子为珍珠鸟小染色体基因表达的“最优”密码子。对应分析表明，影响珍珠鸟小染色体基因密码子使用的主要因素分别为GC3s、CDS的GC含量基以及因的表达丰度。珍珠鸟小染色体基因的密码子用法受到了基因碱基组成的显著影

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